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© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
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ALIGNEMENT
DE SÉQUENCES
5.1 INTRODUCTION
L’alignement de séquences concerne au minimum deux séquences. Un alignement
est l’écriture de deux séquences (ou plus), l’une sous l’autre de façon à faire apparaître des identités (ou des similitudes de séquences). À chaque alignement correspond un score id% qui peut être calculé comme le pourcentage d’identité (nombre
d’identités/longueur de l’alignement) lors de l’édition des séquences.
La distance d’édition de deux séquences est le nombre minimal d’opérations à
effectuer pour transformer l’une dans l’autre.
Soit les deux séquences suivantes :
Sequence 1 A G V S I L N Y A
Sequence 2 V S I L Y A K R
L’écriture des deux séquences donne : Identité = 0 ; longueur = 9 ; id% = 0.
L’alignement de séquences nécessite une police de caractères non proportionnelle
(courrier par exemple).
PLAN
5.1 Introduction
5.2 Comparaison de protéines homologues (algorithme global)
5.3 Meilleur chevauchement entre séquences (algorithme local)
5.4 Alignement multiple
5.5 Séquences « logo »
OBJECTIFS
➤ Comprendre les algorithmes de programmation dynamique
➤ Maîtriser les différences entre alignement local et global
➤ Alignements multiples
➤ Savoir mettre en évidence la conservation des résidus
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ALIGNEMENT
DE SÉQUENCES
5.1 INTRODUCTION
L’alignement de séquences concerne au minimum deux séquences. Un alignement
est l’écriture de deux séquences (ou plus), l’une sous l’autre de façon à faire apparaître des identités (ou des similitudes de séquences). À chaque alignement correspond un score id% qui peut être calculé comme le pourcentage d’identité (nombre
d’identités/longueur de l’alignement) lors de l’édition des séquences.
La distance d’édition de deux séquences est le nombre minimal d’opérations à
effectuer pour transformer l’une dans l’autre.
Soit les deux séquences suivantes :
Sequence 1 A G V S I L N Y A
Sequence 2 V S I L Y A K R
L’écriture des deux séquences donne : Identité = 0 ; longueur = 9 ; id% = 0.
L’alignement de séquences nécessite une police de caractères non proportionnelle
(courrier par exemple).
PLAN
5.1 Introduction
5.2 Comparaison de protéines homologues (algorithme global)
5.3 Meilleur chevauchement entre séquences (algorithme local)
5.4 Alignement multiple
5.5 Séquences « logo »
OBJECTIFS
➤ Comprendre les algorithmes de programmation dynamique
➤ Maîtriser les différences entre alignement local et global
➤ Alignements multiples
➤ Savoir mettre en évidence la conservation des résidus