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2.2 • Une entrée SWISS-PROT
manière définitive à une séquence et n’est pas susceptible de changer. En conséquence, il faut toujours associer le champ AC au champ ID dans toute communication. Les trois champs DT (D T
a e) renseignent successivement les différentes dates
concernant l’entrée (création, modification de séquence ou d’annotation). Le champ
DE DE
( scripteur) renseigne sur la nature de la protéine et est en général la ligne
retournée par les programmes d’analyses (BLAST ou FASTA). Le champ
(
GN Gene
Name), le champ OS contient le nom (latin et anglais) de l’espèce et de l’organisme
(Organism Specie). Le champ OG (ici absent) désigne l’organite. Le champ OC
correspond à la classification de l’organisme de la séquence. Le champ OX correspond à la taxonomie de l’organisme. Les différents champs RN (RP, RX, RT, RA,
RL) concernent les références bibliographiques de séquences. Le champ CC est
dédié aux commentaires (copyright ou annotations). La ligne
fournit des liens
DR
croisés sur les autres banques de données. Le champ KW (KeyWord ou mot-clé). Le
champ FT (Feature Table) est pour les informations et les annotations concernant la
séquence. Si les informations sont non vérifiées expérimentalement, le mot « potential » ou « conflict » est ajouté. Enfin, le dernier champ est SQ pour S Q
é uence. Le
terminateur d’entrée est « // ».
Plus récemment, le champ
(
) a été ajouté pour les entrées
OH Organism Host
virales et décrit l’hôte du virus av
(
ec la taxonomie du NCBI. Le champ PE Protein
Evidence) décrit le mode de mise en évidence de la protéine :
1 : par la présence de la protéine
2 : par la présence du transcrit
3 : déduite par homologie
4 : prédite
5 : incertaine
ID
MYG_HUMAN
STANDARD;
PRT;
153 AA.
AC
P02144;
DT
21-JUL-1986 (Rel. 01, Created)
DT
21-JUL-1986 (Rel. 01, Last sequence update)
DT
01-MAR-2002 (Rel. 41, Last annotation update)
DE
Myoglobin.
GN
MB.
OS
Homo sapiens (Human).
OC
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
OC
Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo.
OX
NCBI_TaxID=9606;
RN
[1]
RP
SEQUENCE.
RX
MEDLINE=71291923; PubMed=5285572;
RA
Romero-Herrera A.E., Lehmann H.;
RT
"Primary structure of human myoglobin.";
RL
Nature New Biol. 232:149-152(1971).
RN
[2]
RP
REVISIONS TO 19-22 AND 83.
RA
Romero-Herrera A.E., Lehmann H.;
RT
"The myoglobin of primates. I. Hylobates agilis (gibbon).";
RL
Biochim. Biophys. Acta 251:482-488(1971).
RN
[3]
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2.2 • Une entrée SWISS-PROT
manière définitive à une séquence et n’est pas susceptible de changer. En conséquence, il faut toujours associer le champ AC au champ ID dans toute communication. Les trois champs DT (D T
a e) renseignent successivement les différentes dates
concernant l’entrée (création, modification de séquence ou d’annotation). Le champ
DE DE
( scripteur) renseigne sur la nature de la protéine et est en général la ligne
retournée par les programmes d’analyses (BLAST ou FASTA). Le champ
(
GN Gene
Name), le champ OS contient le nom (latin et anglais) de l’espèce et de l’organisme
(Organism Specie). Le champ OG (ici absent) désigne l’organite. Le champ OC
correspond à la classification de l’organisme de la séquence. Le champ OX correspond à la taxonomie de l’organisme. Les différents champs RN (RP, RX, RT, RA,
RL) concernent les références bibliographiques de séquences. Le champ CC est
dédié aux commentaires (copyright ou annotations). La ligne
fournit des liens
DR
croisés sur les autres banques de données. Le champ KW (KeyWord ou mot-clé). Le
champ FT (Feature Table) est pour les informations et les annotations concernant la
séquence. Si les informations sont non vérifiées expérimentalement, le mot « potential » ou « conflict » est ajouté. Enfin, le dernier champ est SQ pour S Q
é uence. Le
terminateur d’entrée est « // ».
Plus récemment, le champ
(
) a été ajouté pour les entrées
OH Organism Host
virales et décrit l’hôte du virus av
(
ec la taxonomie du NCBI. Le champ PE Protein
Evidence) décrit le mode de mise en évidence de la protéine :
1 : par la présence de la protéine
2 : par la présence du transcrit
3 : déduite par homologie
4 : prédite
5 : incertaine
ID
MYG_HUMAN
STANDARD;
PRT;
153 AA.
AC
P02144;
DT
21-JUL-1986 (Rel. 01, Created)
DT
21-JUL-1986 (Rel. 01, Last sequence update)
DT
01-MAR-2002 (Rel. 41, Last annotation update)
DE
Myoglobin.
GN
MB.
OS
Homo sapiens (Human).
OC
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
OC
Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo.
OX
NCBI_TaxID=9606;
RN
[1]
RP
SEQUENCE.
RX
MEDLINE=71291923; PubMed=5285572;
RA
Romero-Herrera A.E., Lehmann H.;
RT
"Primary structure of human myoglobin.";
RL
Nature New Biol. 232:149-152(1971).
RN
[2]
RP
REVISIONS TO 19-22 AND 83.
RA
Romero-Herrera A.E., Lehmann H.;
RT
"The myoglobin of primates. I. Hylobates agilis (gibbon).";
RL
Biochim. Biophys. Acta 251:482-488(1971).
RN
[3]
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