Chapitre 2 • Bases de données pour données de bases
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Tableau 2.1 – Quelques bases de données spécialisées.
Acronyme
Description
IMGT
IG, récepteur de cellules T, Complexe Majeur d’Histocompatibilité
HIV
Base de séquences sur le SIDA à Los Alamos
GPCRDB
Récepteurs couplés aux protéines G
euHCVdb
Base de données de séquences du virus de l’hépatite C
OMIM
Online Mendelian Inheritance in Man
HGMD
Human Gene Mutation Database
KEGG
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
ENZYME
Nomenclature des enzymes
BRENDA
Base de connaissance sur les enzymes
NRSub
Bacillus subtilis
AceDB
Caenorhabditis elegans
FlyBase
Drosophila melanogaster
GOLD
Banque des génomes séquencés.
RCSB
Base de données des structures des macromolécules biologiques
IntAct
Base de données d’interactions protéiques
BIND
Base d’interactions
MiMI
Banque d’interactions moléculaires du Michigan
STRING
Banque d’interactions entre protéines
CATH
Banque de classification des structures de protéines
SCOP
Classification structurale des protéines
Ensembl
Explorateur de génomes complets d’organismes modèles.
NucleaRDB
Système d’information pour les récepteurs nucléaires
Figure 2.4 – Caryotype humain sur Ensembl (23 chromosomes).
Les données biologiques sont fortement biaisées. À titre d’illustration, même si
plus de 11 000 espèces sont représentées dans
, seulement 20 espèces
UniProtKB
couvrent 33 % des entrées (voir tableau 2.2).