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10.7 • Autres méthodes
10.7.4 Méthodes utilisant les chaînes de Markov
Si l’idée d’appliquer un modèle stochastique de Markov à la prédiction de structure
secondaire des protéines remonte aux années 1993, un regain d’intérêt pour ces
méthodes est aujourd’hui observé.
10.7.5 Combinaison de méthodes
Plusieurs tentatives ont été menées pour combiner les méthodes basées sur des principes
différents. Ainsi, on peut citer MLRC (Multiple Linear Regression Combination)
qui combine GORIV, SOPMA et une méthode basée sur des neurones grâce à la
minimisation du risque empirique par des Machines à Vecteur Support (SVM).
Serveurs de prédiction de structure secondaire
PHD
http://www.predictprotein.org/
JPRED3
http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/
PSIPRED
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
NNPredict
http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
NPS@
http://npsa-pbil.ibcp.fr
100
200
300
400
500
Antheprot Graphic Viewer: C:\anthepro\ATPASE\ACF_TABAC
N°
AA : ILQEQ
507
A
GOR I method
Gibrat method
LEVIN method
DPM method
SOPMA
PHD
Figure 10.11 – Prédiction par différentes méthodes de la même séquence.