Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
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Ainsi ce sont 1 360 paramètres qui sont utilisés (20 × 17 × 4) dans la prédiction.
L’algorithme est une simple addition :
Prediction (k, i
Info k i k
) = max({
( , )} ( = 1, 4).
Cependant, l’effet d’amortissement des valeurs extrêmes important apporté par la
théorie de l’information va conduire les auteurs à ajuster les teneurs en structures
secondaires via des constantes de décision DC(k) qui seront soustraites de lnfo (k, i)
de chaque résidu selon les teneurs globales obtenues à l’issue d’un premier balayage :
• si % (hélice+feuillet) < 20 alors DC(hélice) =158, DC(Feuillet) = 50
• si % 20 < (hélice+feuillet) < 50 alors DC(hélice) = – 75, DC(Feuillet) = – 88
• si % (hélice+feuillet) >50 alors DC(hélice) = –100, DC(feuillet) = – 88
Les constantes de décision pour les états coude et apériodique sont gardées nulles.
Finalement, la méthode GOR se résume dans l’algorithme suivant :
Il est possible de tracer Info(k, i) en fonction du numéro de l’acide aminé ce qui
permet d’estimer la qualité de prédiction en une position donnée. Ainsi à une position donnée, l’écart entre les deux scores les plus élevés est une mesure de la
confiance que l’utilisateur peut mettre dans le choix de la conformation.
Info k i

 
I k i j
+



j
8
–
=
j +8
=

=
Info k i

 
I k i j
+


 DC k
 
–
j
8
–
=
j +8
=

=
Antheprot Graphic Viewer of GOR I prediction for : C:\anthepro\ATPASE\1ALPHA_ECO.GOR
100
200
300
400
500
Turn
Sheet
Helix
Coil
-200
200
-200
200
-200
200
-200
200
Figure 10.4 – Prédiction de ATPA_ECO par la méthode GOR à l’aide du logiciel AnTheProt.
hélice,
brin,
, coude