Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
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Il est possible de tracer les valeurs des angles mesurés sur une protéine ou un
ensemble de protéines. Par exemple, le diagramme de Ramachandran trace les
couples d’angles (
) trouvés dans une protéine (figure 10.2).
Il est aisé de constater que les points se rassemblent dans des zones particulièrement
favorables du diagramme mettant en évidence des couples d’angles privilégiés qui
correspondent aux structures secondaires. Vouloir prédire la structure des protéines
à partir de la séquence nécessite de vérifier le postulat selon lequel la séquence contient
l’information nécessaire et suffisante à l’obten
Même si des exceptions
tion de la structure.
existent (intéine, préséquences,
, protéines intrinsèquement non structuchaperones
rées), ce postulat a été vérifié pour la première fois par Anfinsen au moyen d’expériences de dénaturation-renaturation. Partant d’une structure biologiquement active
(la ribonucléase pancréatique), une
est provoquée par l’addition d’urée
dénaturation
très concentrée et d’agents réducteurs de ponts disulfures conduisant à une protéine
sans structure qui ne possède plus que l’information de séquence.
Figure 10.1 – Degrés de liberté de la chaîne principale.
Figure 10.2 – Diagramme de Ramachandran.
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Il est possible de tracer les valeurs des angles mesurés sur une protéine ou un
ensemble de protéines. Par exemple, le diagramme de Ramachandran trace les
couples d’angles (
) trouvés dans une protéine (figure 10.2).
Il est aisé de constater que les points se rassemblent dans des zones particulièrement
favorables du diagramme mettant en évidence des couples d’angles privilégiés qui
correspondent aux structures secondaires. Vouloir prédire la structure des protéines
à partir de la séquence nécessite de vérifier le postulat selon lequel la séquence contient
l’information nécessaire et suffisante à l’obten
Même si des exceptions
tion de la structure.
existent (intéine, préséquences,
, protéines intrinsèquement non structuchaperones
rées), ce postulat a été vérifié pour la première fois par Anfinsen au moyen d’expériences de dénaturation-renaturation. Partant d’une structure biologiquement active
(la ribonucléase pancréatique), une
est provoquée par l’addition d’urée
dénaturation
très concentrée et d’agents réducteurs de ponts disulfures conduisant à une protéine
sans structure qui ne possède plus que l’information de séquence.
Figure 10.1 – Degrés de liberté de la chaîne principale.
Figure 10.2 – Diagramme de Ramachandran.