Avant-propos
X
• Existe-t-il d’autres gènes homologues ?
• Est-ce que deux séquences correspondent à deux gènes homologues ?
• Existe-t-il des résidus essentiels à la fonction ?
• Alignement multiple, quel outil ? Pour quoi faire ? Établissement de consensus.
• Quelle peut être la fonction d’une protéine (prédit d’après sa séquence, sa structure...) ?
• Recherche de sous-motifs communs à un ensemble de séquences.
• Recherche de régions contenant des séquences répétées.
• Recherche d’hélices ou de brins dans les protéines.
• Comment construire un modèle tridimensionnel de protéine ?
• Optimisation et comparaison de structures 3D.
• Quelle est la charge globale d’une protéine à un pH donné ?
Ce livre n’a pas la prétention d’être exhaustif (il se limite d’une manière générale
aux protéines, mais les algorithmes sont souvent très proches de ceux développés
pour les acides nucléiques). Il a été rédigé afin de faciliter la compréhension des
approches, méthodes, algorithmes et implémentations les plus courantes en bioinformatique moléculaire et structurale. À ce titre, il est parfois simplificateur et doit
être considéré comme une introduction à la bioinformatique moléculaire et structurale. Il s’adresse donc aux étudiants de biologie/biochimie, de niveau licence, master
ou classes préparatoires, ou bien aux biologistes qui souhaitent s’initier et comprendre
les méthodes sous-jacentes aux programmes afin d’estimer la qualité de leurs
analyses.
La logique suivie dans le livre est de partir des séquences de protéines pour aller
vers leurs structures secondaires, leurs structures tridimensionnelles et finir par leurs
fonctions. Elle suit la stratégie actuelle d’analyse d’une question biologique qui a été
revisitée du fait de l’avènement de la bioinformatique et des séquençages massifs.
Bases de
Données
Traitements
bioinformaƟques
Ingénierie
logicielle et
webicielle
ModélisaƟon
SimulaƟon
ExpérimentaƟons
biologiques
Biologie
Informat ique
BIOINFORMATIQUE
Hypothèse
Carrossage
Analyse de données
Méthodologies
ApplicaƟons
X
• Existe-t-il d’autres gènes homologues ?
• Est-ce que deux séquences correspondent à deux gènes homologues ?
• Existe-t-il des résidus essentiels à la fonction ?
• Alignement multiple, quel outil ? Pour quoi faire ? Établissement de consensus.
• Quelle peut être la fonction d’une protéine (prédit d’après sa séquence, sa structure...) ?
• Recherche de sous-motifs communs à un ensemble de séquences.
• Recherche de régions contenant des séquences répétées.
• Recherche d’hélices ou de brins dans les protéines.
• Comment construire un modèle tridimensionnel de protéine ?
• Optimisation et comparaison de structures 3D.
• Quelle est la charge globale d’une protéine à un pH donné ?
Ce livre n’a pas la prétention d’être exhaustif (il se limite d’une manière générale
aux protéines, mais les algorithmes sont souvent très proches de ceux développés
pour les acides nucléiques). Il a été rédigé afin de faciliter la compréhension des
approches, méthodes, algorithmes et implémentations les plus courantes en bioinformatique moléculaire et structurale. À ce titre, il est parfois simplificateur et doit
être considéré comme une introduction à la bioinformatique moléculaire et structurale. Il s’adresse donc aux étudiants de biologie/biochimie, de niveau licence, master
ou classes préparatoires, ou bien aux biologistes qui souhaitent s’initier et comprendre
les méthodes sous-jacentes aux programmes afin d’estimer la qualité de leurs
analyses.
La logique suivie dans le livre est de partir des séquences de protéines pour aller
vers leurs structures secondaires, leurs structures tridimensionnelles et finir par leurs
fonctions. Elle suit la stratégie actuelle d’analyse d’une question biologique qui a été
revisitée du fait de l’avènement de la bioinformatique et des séquençages massifs.
Bases de
Données
Traitements
bioinformaƟques
Ingénierie
logicielle et
webicielle
ModélisaƟon
SimulaƟon
ExpérimentaƟons
biologiques
Biologie
Informat ique
BIOINFORMATIQUE
Hypothèse
Carrossage
Analyse de données
Méthodologies
ApplicaƟons