Chapitre II : Méthodologie
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Une Analyse en Composantes Principales (ACP) a été réalisée sur ces données morphométriques.
L'ACP est une technique permettant de réduire un système complexe de corrélations en un plus
petit nombre de dimensions. La méthode des composantes principales est également appelée
méthode des axes principaux : la recherche des composantes principales consiste à déterminer ce
qu’on pourrait considérer comme les longueurs ou variance (valeurs propres) et les directions
(vecteurs propres) des axes principaux. Pour 3 variables les 3 axes principaux de l’ellipsoïde, sont
perpendiculaires et représentent les 3 composantes, qui sont indépendantes. Il est clair que la
première composante explique la plus grande partie du système, la variance expliquée par les 2
autres composantes sera moindre. Pour plus de 3 variables on parle d’hyperplan. On définit ainsi
deux espaces : celui des individus et celui des caractères. Chaque individu ayant p coordonnés, est
considéré comme un vecteur d’un espace à p dimensions. Chaque variable sera une liste de n
valeurs numériques. La recherche des axes d’inertie du nuage se ramène à la diagonalisation de
la matrice de corrélation. Certains auteurs préconisent d’extraire les composantes à partir de
données centrées mais non réduites. Le cas le plus universel porte sur l’analyse de variables
standards, où toutes les variables sont considérées comme d’égale importance. Après avoir testé
la corrélation, nous avons standardisé les variables, à l’aide du programme de standardisation
‘Sizestd’ créé par Lombarte et Lleonart (1993) et amélioré par Senar et al. (1994). Le logiciel
élimine l’effet de la taille des individus et de la croissance relative à partir d’une matrice de
données (Hemida, 2005). L’ACP est réalisé à l’aide du logiciel Statistica version .5.1 (StatSoft.,
Inc., 1997).
2.3 Etude de l’âge par la lecture directe
Les études d’ageage sont fondées sur la lecture directe des structures calcifiées, telle que les
otolithes, les vertèbres les écailles qui requièrent l’interprétation des anneaux de croissance
(annulis) et leur dénombrement. L’absence d’écailles chez les baudroies conduit à se rabattre vers
les otolithes (Tsimendis et al.,1980).Toutefois une forte divergence entre les lecteurs a été
observée lors de la lecture d’âge sur les otolithes (Fig.1,Annexe 2A) s’expliquant par une difficulté
d’interprétation des anneaux (Dupouy et al., 1997).
Dans ce cas, la lecture se fait sur l’illicium (Annexe 1) qui est le premier rayon de la nageoire
dorsale. Il faut noter le fait que l’illicium est le dernier rayon à se développer dans la nageoire
dorsale et il n’apparait que quand la larve mesure environ 1,6 cm de long (Russel, 1976).
3.1. Prélèvement de l’illicium
Au total, près de 80 illiciums de Lophius budegassa ont été récoltés pour cette étude). Les illiciums
sont prélevés sur les individus observés dans la mesure du possible.
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Une Analyse en Composantes Principales (ACP) a été réalisée sur ces données morphométriques.
L'ACP est une technique permettant de réduire un système complexe de corrélations en un plus
petit nombre de dimensions. La méthode des composantes principales est également appelée
méthode des axes principaux : la recherche des composantes principales consiste à déterminer ce
qu’on pourrait considérer comme les longueurs ou variance (valeurs propres) et les directions
(vecteurs propres) des axes principaux. Pour 3 variables les 3 axes principaux de l’ellipsoïde, sont
perpendiculaires et représentent les 3 composantes, qui sont indépendantes. Il est clair que la
première composante explique la plus grande partie du système, la variance expliquée par les 2
autres composantes sera moindre. Pour plus de 3 variables on parle d’hyperplan. On définit ainsi
deux espaces : celui des individus et celui des caractères. Chaque individu ayant p coordonnés, est
considéré comme un vecteur d’un espace à p dimensions. Chaque variable sera une liste de n
valeurs numériques. La recherche des axes d’inertie du nuage se ramène à la diagonalisation de
la matrice de corrélation. Certains auteurs préconisent d’extraire les composantes à partir de
données centrées mais non réduites. Le cas le plus universel porte sur l’analyse de variables
standards, où toutes les variables sont considérées comme d’égale importance. Après avoir testé
la corrélation, nous avons standardisé les variables, à l’aide du programme de standardisation
‘Sizestd’ créé par Lombarte et Lleonart (1993) et amélioré par Senar et al. (1994). Le logiciel
élimine l’effet de la taille des individus et de la croissance relative à partir d’une matrice de
données (Hemida, 2005). L’ACP est réalisé à l’aide du logiciel Statistica version .5.1 (StatSoft.,
Inc., 1997).
2.3 Etude de l’âge par la lecture directe
Les études d’ageage sont fondées sur la lecture directe des structures calcifiées, telle que les
otolithes, les vertèbres les écailles qui requièrent l’interprétation des anneaux de croissance
(annulis) et leur dénombrement. L’absence d’écailles chez les baudroies conduit à se rabattre vers
les otolithes (Tsimendis et al.,1980).Toutefois une forte divergence entre les lecteurs a été
observée lors de la lecture d’âge sur les otolithes (Fig.1,Annexe 2A) s’expliquant par une difficulté
d’interprétation des anneaux (Dupouy et al., 1997).
Dans ce cas, la lecture se fait sur l’illicium (Annexe 1) qui est le premier rayon de la nageoire
dorsale. Il faut noter le fait que l’illicium est le dernier rayon à se développer dans la nageoire
dorsale et il n’apparait que quand la larve mesure environ 1,6 cm de long (Russel, 1976).
3.1. Prélèvement de l’illicium
Au total, près de 80 illiciums de Lophius budegassa ont été récoltés pour cette étude). Les illiciums
sont prélevés sur les individus observés dans la mesure du possible.