Annexe II
Tableau 13. Etapes de calcul des indices de diverrsité taxonomique
Etape
Fonction
Charger le package
Require (vegan)
Importation des
données (tab. 2, annexe
II)
Tcont=read.table(file=file. choose (), sep="\t", dec=".", header=T,
row.names=1)
Importation des
données (tab. 11,
annexe II)
Ctaxon=read.table(file=file. choose (), sep="\t", dec=".", header=T,
row.names=1)
Calcul des distances
taxonomiques
taxdis <- taxa2dist (Ctaxon, varstep=TRUE)
Calcul des indices de
diversité taxonomique
mod <- taxondive (Tcont, taxdis)
mod
Test du funnel
plot (mod, cex=1.5, ylim=c(79,85))