CHAPITRE II
Les bactéries marines hydrocarbonoclastes
et leurs mécanismes d’action
73
matrice environnementale ou d'une culture d'enrichissement. Sa structure principale est une
alternance de séquences de gènes hautement conservés, de séquences variables et
hypervariables (figure 23). L'amplification par PCR du gène entier ou de régions spécifiques,
et son séquençage ultérieur, permettent l'identification de souches bactériennes telles que le
genre et l'espèce et d'évaluer les relations phylogénétiques entre les souches bactériennes sur
la base du pourcentage de similarité.
Si, d’une part, les techniques moléculaires de culture indépendantes ont permis d’accroître les
connaissances sur l’ensemble de la communauté microbienne responsables de la dégradation
des hydrocarbures, d’autre part, l’isolement de ces souches bactériennes reste d’une
importance fondamentale pour l’étude des mécanismes de dégradation (Daffonchio et al.,
2013).
Figure 23. Représentation schématique du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S avec les
régions conservées (bleu), les régions variables (gris) et hypervariable (rouge).
Conclusions.
La remédiation de la pollution par les hydrocarbures dans l’environnement et en particulier le
milieu marin est un problème du monde réel. Une meilleure compréhension du mécanisme de
biodégradation a une haute importance écologique. La biodégradation dépend de la capacité
des microorganismes indigènes à transformer et minéraliser les contaminants organiques. Le
processus microbien de dégradation facilite l'élimination des hydrocarbures déversés de
l'environnement après le retrait critique de grandes quantités de pétrole par diverses méthodes
physiques et chimiques. Ceci est possible du fait que certains micro-organismes spécialisés
possèdent des systèmes enzymatiques leur permettant de dégrader et d’utiliser les différents
hydrocarbures comme source de carbone et d’énergie.
Les bactéries marines hydrocarbonoclastes
et leurs mécanismes d’action
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matrice environnementale ou d'une culture d'enrichissement. Sa structure principale est une
alternance de séquences de gènes hautement conservés, de séquences variables et
hypervariables (figure 23). L'amplification par PCR du gène entier ou de régions spécifiques,
et son séquençage ultérieur, permettent l'identification de souches bactériennes telles que le
genre et l'espèce et d'évaluer les relations phylogénétiques entre les souches bactériennes sur
la base du pourcentage de similarité.
Si, d’une part, les techniques moléculaires de culture indépendantes ont permis d’accroître les
connaissances sur l’ensemble de la communauté microbienne responsables de la dégradation
des hydrocarbures, d’autre part, l’isolement de ces souches bactériennes reste d’une
importance fondamentale pour l’étude des mécanismes de dégradation (Daffonchio et al.,
2013).
Figure 23. Représentation schématique du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S avec les
régions conservées (bleu), les régions variables (gris) et hypervariable (rouge).
Conclusions.
La remédiation de la pollution par les hydrocarbures dans l’environnement et en particulier le
milieu marin est un problème du monde réel. Une meilleure compréhension du mécanisme de
biodégradation a une haute importance écologique. La biodégradation dépend de la capacité
des microorganismes indigènes à transformer et minéraliser les contaminants organiques. Le
processus microbien de dégradation facilite l'élimination des hydrocarbures déversés de
l'environnement après le retrait critique de grandes quantités de pétrole par diverses méthodes
physiques et chimiques. Ceci est possible du fait que certains micro-organismes spécialisés
possèdent des systèmes enzymatiques leur permettant de dégrader et d’utiliser les différents
hydrocarbures comme source de carbone et d’énergie.