CHAPITRE II
Les bactéries marines hydrocarbonoclastes
et leurs mécanismes d’action
71
Plus de 60 gènes homologues à AlkB sont connus et ont été retrouvés à la fois chez les
bactéries Gram négatif et Gram positif (Kuhn et al., 2009). Certaines espèces contiennent plus
d'une copie du gène alkB dans leur génome, jusqu'à cinq dans certaines souches appartenant
au genre Rhodococcus, deux chez Pseudomonas aeruginosa. La présence de systèmes de
dégradation multiples suggère l'implication de différentes voies cataboliques en fonction de la
gamme de n-alcanes à dégrader (Catania, 2018).
Figure 22. Les gènes codant pour des protéines impliquées dans la dégradation des alcanes
chez A. borkumensis SK2 (Schneiker et al., 2006).
Des souches appartenant au genre Pseudomonas dégradent les composés aromatiques, grâce
aux activités enzymatiques exprimées par un ou plusieurs opérons cataboliques situés sur de
grands plasmides à faible nombre de copies. Le plasmide pWW0 (environ 117 kb) de
Pseudomonas putida mt-2 a été le premier plasmide TOL à être identifié et représente le
système modèle pour la dégradation des hydrocarbures aromatiques. Les gènes cataboliques
et régulateurs, les gènes xyl du plasmide pWW0, sont organisés en quatre unités de
transcription et sont cartographiés dans une région d'environ 40 kb. Le premier est l'opéron
(xylCMABN), qui code pour toutes les enzymes impliquées dans la voie supérieure qui
convertissent le toluène et le xylène (isomères méta et para) en dérivés benzoate et méthyle, et
en une protéine membranaire codée par le gène xylN. Le second opéron
(xylXYZLTEGFJQKIH) est composé de 11 gènes, qui codent pour les enzymes de la voie
Les bactéries marines hydrocarbonoclastes
et leurs mécanismes d’action
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Plus de 60 gènes homologues à AlkB sont connus et ont été retrouvés à la fois chez les
bactéries Gram négatif et Gram positif (Kuhn et al., 2009). Certaines espèces contiennent plus
d'une copie du gène alkB dans leur génome, jusqu'à cinq dans certaines souches appartenant
au genre Rhodococcus, deux chez Pseudomonas aeruginosa. La présence de systèmes de
dégradation multiples suggère l'implication de différentes voies cataboliques en fonction de la
gamme de n-alcanes à dégrader (Catania, 2018).
Figure 22. Les gènes codant pour des protéines impliquées dans la dégradation des alcanes
chez A. borkumensis SK2 (Schneiker et al., 2006).
Des souches appartenant au genre Pseudomonas dégradent les composés aromatiques, grâce
aux activités enzymatiques exprimées par un ou plusieurs opérons cataboliques situés sur de
grands plasmides à faible nombre de copies. Le plasmide pWW0 (environ 117 kb) de
Pseudomonas putida mt-2 a été le premier plasmide TOL à être identifié et représente le
système modèle pour la dégradation des hydrocarbures aromatiques. Les gènes cataboliques
et régulateurs, les gènes xyl du plasmide pWW0, sont organisés en quatre unités de
transcription et sont cartographiés dans une région d'environ 40 kb. Le premier est l'opéron
(xylCMABN), qui code pour toutes les enzymes impliquées dans la voie supérieure qui
convertissent le toluène et le xylène (isomères méta et para) en dérivés benzoate et méthyle, et
en une protéine membranaire codée par le gène xylN. Le second opéron
(xylXYZLTEGFJQKIH) est composé de 11 gènes, qui codent pour les enzymes de la voie