INTRODUCTION
GENERALE
5
Les deux premiers chapitres consistent en une synthèse bibliographique. Le premier
présentera d’une part la pollution des milieux marins par les hydrocarbures pétroliers et
d’autre part les différentes méthodes de remédiation biologiques et non biologiques. Le
second chapitre sera consacré à l’étude du rôle des bactéries hydrocarbonoclastes, leurs
propriétés, ainsi que les différentes voies métaboliques de dégradation des hydrocarbures
employés par ces bactéries.
Le troisième chapitre est réservé à la présentation du site d’étude ainsi que la stratégie
d’échantillonnage.
Le quatrième chapitre intitulé « Matériels et méthodes» exposera l’ensemble des méthodes
expérimentales et analytiques utilisées pour atteindre nos objectifs. Cette partie concerne la
mise au point méthodologique pour :
• L’estimation de la diversité bactérienne dans les échantillons d'eau de mer et des
sédiments prélevés dans le port de Sidi Fredj en utilisant une technique indépendante à
la culture DGGE « Électrophorèse sur gel en gradient dénaturant »
• L’enrichissement, l’isolement, sélection et criblage des souches bactériennes aptes à
vivre en présence d’hydrocarbures en s’appuyant sur des protocoles standards.
• L’identification moléculaire des souches bactériennes sélectionnées par amplification
itérative (PCR) des gènes codant pour les ARN ribosomiaux 16S, le séquençage des
amplicons et la recherche bioinformatique des séquences les plus proches dans les
banques de séquences (Genbank).
• L’étude du pouvoir de biodégradation des hydrocarbures par les souches bactériennes
sélectionnées. L’analyse sera faite par chromatographie gazeuse couplée à une
détection par ionisation de flamme (GC-FID). Elle permet de séparer, identifier et
quantifier la proportion relative des fractions majeures du pétrole.
• La présence de certains gènes cataboliques d’intérêt ciblant la dégradation des
hydrocarbures et la détection des bactéries ayant un potentiel de bioremédiation vis-àvis de ces composés.
• L’étude du pouvoir de productions de biosurfactants par les souches isolées.
Le cinquième chapitre «résultats et discussion » sera consacré à la présentation et à la
discussion de tous les résultats obtenus.
Une conclusion générale ainsi que les perspectives envisagées pour continuer les travaux
initiés clôtureront ce manuscrit.
GENERALE
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Les deux premiers chapitres consistent en une synthèse bibliographique. Le premier
présentera d’une part la pollution des milieux marins par les hydrocarbures pétroliers et
d’autre part les différentes méthodes de remédiation biologiques et non biologiques. Le
second chapitre sera consacré à l’étude du rôle des bactéries hydrocarbonoclastes, leurs
propriétés, ainsi que les différentes voies métaboliques de dégradation des hydrocarbures
employés par ces bactéries.
Le troisième chapitre est réservé à la présentation du site d’étude ainsi que la stratégie
d’échantillonnage.
Le quatrième chapitre intitulé « Matériels et méthodes» exposera l’ensemble des méthodes
expérimentales et analytiques utilisées pour atteindre nos objectifs. Cette partie concerne la
mise au point méthodologique pour :
• L’estimation de la diversité bactérienne dans les échantillons d'eau de mer et des
sédiments prélevés dans le port de Sidi Fredj en utilisant une technique indépendante à
la culture DGGE « Électrophorèse sur gel en gradient dénaturant »
• L’enrichissement, l’isolement, sélection et criblage des souches bactériennes aptes à
vivre en présence d’hydrocarbures en s’appuyant sur des protocoles standards.
• L’identification moléculaire des souches bactériennes sélectionnées par amplification
itérative (PCR) des gènes codant pour les ARN ribosomiaux 16S, le séquençage des
amplicons et la recherche bioinformatique des séquences les plus proches dans les
banques de séquences (Genbank).
• L’étude du pouvoir de biodégradation des hydrocarbures par les souches bactériennes
sélectionnées. L’analyse sera faite par chromatographie gazeuse couplée à une
détection par ionisation de flamme (GC-FID). Elle permet de séparer, identifier et
quantifier la proportion relative des fractions majeures du pétrole.
• La présence de certains gènes cataboliques d’intérêt ciblant la dégradation des
hydrocarbures et la détection des bactéries ayant un potentiel de bioremédiation vis-àvis de ces composés.
• L’étude du pouvoir de productions de biosurfactants par les souches isolées.
Le cinquième chapitre «résultats et discussion » sera consacré à la présentation et à la
discussion de tous les résultats obtenus.
Une conclusion générale ainsi que les perspectives envisagées pour continuer les travaux
initiés clôtureront ce manuscrit.