CHAPITRE V
Résultats & Discussion
118
Le dendrogramme appliqué aux profils DGGE, a regroupé les profils des échantillons de
sédiments et d’eau de mer sur deux branches différentes. Dans chacune de ces deux branches,
les profils des stations S2 et S3 se sont regroupés. Les bandes de sédiments de la station S4
se trouvaient sur une branche différente, ce qui indique une communauté bactérienne
totalement différente.
Catania et collaborateurs (2015) ont comparé la diversité bactérienne de l’eau de mer et du
sédiment de surface de la baie de Priolo (Sicilie) par DGGE et ont trouvé que les indices de
diversité calculés pour chaque profil DGGE étaient en général plus élevés et plus variable
dans les échantillons de sédiments que dans les échantillons d'eau. Contrairement aux
résultats obtenus dans notre étude ou les échantillons d’eau de mer étaient plus diversifiés que
ceux du sédiment.
Des estimations récentes révèlent que les sédiments côtiers abritent les valeurs les plus
élevées d'abondance microbienne (Mcgenity et al., 2014) et diversité biologique au sein du
milieu marin (Zinger et al., 2011).
MacNaughton et collaborateurs (1999) estiment que la DGGE permet de détecter les espèces
présentes à plus de 1 à 2% dans un échantillon environnemental. Pour leur parts, Muyzer et
collaborateurs (1993) et Murray et collaborateurs (1996) considèrent que des populations
présentes entre 0,1 et 1% au sein d’un échantillon peuvent être détectées par ces techniques
d’électrophorèse et que ce sont les populations dominantes qui seront davantage analysées par
cette technique.
V.5 Isolement et criblage des souches cultivables.
L’étude des micro-organismes en général repose sur leur culture dans des milieux ayant les
caractéristiques nutritionnelles et physico-chimiques favorisant leur croissance, de manière à
obtenir des colonies pures identifiables et caractérisées. Des cultures d'enrichissement des
bactéries dégradant les hydrocarbures ont été préparés en utilisant un milieu minéral auquel
des hydrocarbures sont ajoutés (pétrole brut, mélange d’alcanes et un mélange
d’hydrocarbures aromatiques) comme seule source de carbone et d'énergie.
L’approche dépendante à la culture basée sur l’isolement et l’identification des bactéries
hydrocarbonoclastes nous a permis d’isoler une collection de 119 souches bactériennes
provenant des échantillons contaminés d’eau de mer (74 souches) et de sédiments (45
souches) pendant une période d’incubation allant de 72h à une semaine à une température de
30°C sur du milieu ONR7 Agar (tableau 20).
Résultats & Discussion
118
Le dendrogramme appliqué aux profils DGGE, a regroupé les profils des échantillons de
sédiments et d’eau de mer sur deux branches différentes. Dans chacune de ces deux branches,
les profils des stations S2 et S3 se sont regroupés. Les bandes de sédiments de la station S4
se trouvaient sur une branche différente, ce qui indique une communauté bactérienne
totalement différente.
Catania et collaborateurs (2015) ont comparé la diversité bactérienne de l’eau de mer et du
sédiment de surface de la baie de Priolo (Sicilie) par DGGE et ont trouvé que les indices de
diversité calculés pour chaque profil DGGE étaient en général plus élevés et plus variable
dans les échantillons de sédiments que dans les échantillons d'eau. Contrairement aux
résultats obtenus dans notre étude ou les échantillons d’eau de mer étaient plus diversifiés que
ceux du sédiment.
Des estimations récentes révèlent que les sédiments côtiers abritent les valeurs les plus
élevées d'abondance microbienne (Mcgenity et al., 2014) et diversité biologique au sein du
milieu marin (Zinger et al., 2011).
MacNaughton et collaborateurs (1999) estiment que la DGGE permet de détecter les espèces
présentes à plus de 1 à 2% dans un échantillon environnemental. Pour leur parts, Muyzer et
collaborateurs (1993) et Murray et collaborateurs (1996) considèrent que des populations
présentes entre 0,1 et 1% au sein d’un échantillon peuvent être détectées par ces techniques
d’électrophorèse et que ce sont les populations dominantes qui seront davantage analysées par
cette technique.
V.5 Isolement et criblage des souches cultivables.
L’étude des micro-organismes en général repose sur leur culture dans des milieux ayant les
caractéristiques nutritionnelles et physico-chimiques favorisant leur croissance, de manière à
obtenir des colonies pures identifiables et caractérisées. Des cultures d'enrichissement des
bactéries dégradant les hydrocarbures ont été préparés en utilisant un milieu minéral auquel
des hydrocarbures sont ajoutés (pétrole brut, mélange d’alcanes et un mélange
d’hydrocarbures aromatiques) comme seule source de carbone et d'énergie.
L’approche dépendante à la culture basée sur l’isolement et l’identification des bactéries
hydrocarbonoclastes nous a permis d’isoler une collection de 119 souches bactériennes
provenant des échantillons contaminés d’eau de mer (74 souches) et de sédiments (45
souches) pendant une période d’incubation allant de 72h à une semaine à une température de
30°C sur du milieu ONR7 Agar (tableau 20).