Introduction
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Chapitres I : Recherches bibliographiques
I.1 La mytiliculture……………………………………………………………………… 13
I.2 La moule………………………………………………………………………….….. 13
I.2.1 Systématique………………………………………………………………………. 14
I.2.2 Morphologie………………………………………………………………………. 14
I.2.2.1 Aspect extérieur…………………………………………………………………. 14
I.2.2.2 Aspect intérieur………………………………………………………………….. 15
I.2.3 Habitat……………………………………………………………………………… 15
I.2.4 Alimentation………………………………………………………………………. 15
I.2.5 Les risques liés à la consommation des moules………………………..................... 16
I.3 Généralités sur Escherichia coli……………………………………………………... 16
I.3.1 Présentation d’E coli………………………………………………………………. 17
.3.2 Caractères sérologiques…………………………………………………………….. 18
I.3.3 Organisation du génome et virulence……………………………………………… 18
.3.3.1Squelettesgénomiques…………………………………………………………….. 18
I.3.3.2 Ilots génomiques-îlots de pathogénicité………………………………………… 19
I.3.4 Phylogénie, Plasticité et clonalité génomique de l’espèce………………………… 20
I.3.4.1 Test moléculaire…………………………………………………………………. 21
I.3.5 Commensalité et pathogénicité…………………………………………………….. 22
I.3.5.1 E coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC)…………………………………… 22
I.3.5.1.1 Facteurs de virulence des ExPEC……………………………………………… 23
3.5.1.1.1 Facteurs de colonisation des muqueuses……………………………………… 24
I.3.5.1.1.2 Survie des ExPEC dans les tissus hôtes…………………………………….. 24
I.3.5.1.1.2.1 Les capsules, outils de protection des ExPEC…………………………….. 24
I.3.5.1.1.3 Implication des toxines dans la pathogénicité des ExPEC…………………... 25
I.3.5.2 Les pathogènes intestinaux……………………………………………………… 25
I.3.5.2.1 E coli entéro- invasifs(ECEI)………………………………………………….. 27
I.3.5.2.1.1 E. coli à adhésion diffuse DAEC ou ECEAg……………………………….. 28
I.4 La résistance d’Escherichia coli aux antibiotiques…………………………………. 29
I.4.1 Résistance aux bétalactamines…………………………………………………….. 29
I.4.2 Résistance d’E. coli aux quinolones ………………………………………………. 30
I.4.3 Resistance d’E. coli aux aminosides………………………………………………. 32
.4.4 La résistance d’E. coli aux tétracyclines..……………………………………….…. 32
I.4.5 la résistance d’E. coli aux phénicols………………………………………………. 32
Chapitre II : Matériel et méthodes
II.1 Présentation du site…………………………………………………………………. 34
II.2 présentation des souches………………………………………………………......... 34
II.3 Méthodes……………………………………………………………………………… 34
II.3.1 Identification biochimique par galerie API 20 E………………………………………… 34
II.3.2 Diffusion en milieu gélosé : antibiogramme…………………………………………….. 35
II.3.3 Détection des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) : test de synergie………………… 36
II.3.4 Détection des Béta-lactamases inductibles : test d'antagonisme…………………………. 36
.4 Extraction de l'ADN……………………………………………………………………… 37
II.5 Détermination des groupes phylogénétique par PCR………………………………. 37
II.5.1 Principe de la PCR……………………………………………………………………. 37
II.5.2 Recherche des groupes phylogénétiques……………………………………………. 38
II.5.3 Mélange réactionnel……………………………………………………………………….. 38