Annexe
Tableau 22. Script pour le Calcul des indices de la diversité taxonomique
# lire le tableau de contingence
Tcont=read.table(file=file.choose(), sep="\t",dec=".",header=T,row.names=1)
# Lire le tableau de classification taxonomique
Ctaxon=read.table(file=file.choose(), sep="\t",dec=".",header=T,row.names=1)
# Convertir le tableau de classification taxonomique en un tableau de distance taxonomique
taxdis <- taxa2dist(Ctaxon, varstep=TRUE)
# Calculer les indices de diversité taxonomique
mod <- taxondive(Tcont, taxdis)
mod
# test du funnel
plot(mod, cex=1.5, ylim=c(68,85))