Chapitre Premier : Données générales et Méthodes d’étude
15
2.2.2.2. Analyse des indices taxonomiques
Cinq indices de diversité (Δ, Δ
*
, Δ
+
, λ
+
, s Δ
+ ) ont été proposés par (WARWICK et
CLARKE, 1995) avec comme particularité de considérer les relations taxonomiques entre
espèces pour rendre compte de leur différence.
Pour l’étude présente que les trois indices taxonomiques (Δ, Δ
*
et Δ
+ ) ont été calculés à partir
d’un arbre taxonomique construit sur la base de la classification hiérarchique phylogénétique
en considérant huit niveaux taxonomiques : espèce, genre, famille, ordre, classe, phylum,
embranchement et règne sous le logiciel R, version 3.0.3 (R Core Team, 2014).
Le premier indice de diversité taxonomique est Δ :
∆ =
[í µí»´í µí»´í µí»´í µí»´í µí±í µí± < í µí±í µí± í µí¼í µí¼í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí±]
[n (n − 1) /2]]
Où xi (i=1 à S) est l’abondance de la ième espèce, n (=Σxi) le nombre total d’individus et ωij
le « poids de distinction » (numéro de rang du niveau taxonomique considéré).
D’après WARWICK et CLARKE (1995), l’indice taxonomique Δ est équivalent d’un point
de vue significatif à l’indice de Shannon (Ish), mais il est cependant moins sensible à la taille
de l’échantillon étudié. Cet indice est intéressant car il intègre une nouvelle information : la
taxonomie des individus de l’échantillon.
Un autre indice utilisé est l’indice de relation taxonomique entre individus Δ* :
∆
∗
=
[í µí»´í µí»´í µí»´í µí»´í µí±í µí± < í µí±í µí± í µí¼í µí¼í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí±]
[ΣΣi < j xi xj]
L’indice Δ
* est considéré comme un pur indice de distinction taxonomique, sans la
contribution de la diversité spécifique : il est défini par la longueur moyenne du chemin entre
les différentes paires d’individus, ignorant les chemins entre les individus d’une même
espèce.
Un indice spécifique aux données en présence/absence Δ
+ a également été développé : il
représente la distance taxonomique moyenne entre toutes les espèces (pure relation
taxonomique entre les espèces (ROCKLIN, 2004).
∆
+
= 2 ∗
ΣΣi < j ωij
S(S − 1)
Ici, ωij est le poids donné à la longueur du chemin reliant l’espèce i et j dans l’arbre
taxonomique, et S le nombre d’espèces observées.
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2.2.2.2. Analyse des indices taxonomiques
Cinq indices de diversité (Δ, Δ
*
, Δ
+
, λ
+
, s Δ
+ ) ont été proposés par (WARWICK et
CLARKE, 1995) avec comme particularité de considérer les relations taxonomiques entre
espèces pour rendre compte de leur différence.
Pour l’étude présente que les trois indices taxonomiques (Δ, Δ
*
et Δ
+ ) ont été calculés à partir
d’un arbre taxonomique construit sur la base de la classification hiérarchique phylogénétique
en considérant huit niveaux taxonomiques : espèce, genre, famille, ordre, classe, phylum,
embranchement et règne sous le logiciel R, version 3.0.3 (R Core Team, 2014).
Le premier indice de diversité taxonomique est Δ :
∆ =
[í µí»´í µí»´í µí»´í µí»´í µí±í µí± < í µí±í µí± í µí¼í µí¼í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí±]
[n (n − 1) /2]]
Où xi (i=1 à S) est l’abondance de la ième espèce, n (=Σxi) le nombre total d’individus et ωij
le « poids de distinction » (numéro de rang du niveau taxonomique considéré).
D’après WARWICK et CLARKE (1995), l’indice taxonomique Δ est équivalent d’un point
de vue significatif à l’indice de Shannon (Ish), mais il est cependant moins sensible à la taille
de l’échantillon étudié. Cet indice est intéressant car il intègre une nouvelle information : la
taxonomie des individus de l’échantillon.
Un autre indice utilisé est l’indice de relation taxonomique entre individus Δ* :
∆
∗
=
[í µí»´í µí»´í µí»´í µí»´í µí±í µí± < í µí±í µí± í µí¼í µí¼í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí± í µí±¥í µí±¥í µí±í µí±]
[ΣΣi < j xi xj]
L’indice Δ
* est considéré comme un pur indice de distinction taxonomique, sans la
contribution de la diversité spécifique : il est défini par la longueur moyenne du chemin entre
les différentes paires d’individus, ignorant les chemins entre les individus d’une même
espèce.
Un indice spécifique aux données en présence/absence Δ
+ a également été développé : il
représente la distance taxonomique moyenne entre toutes les espèces (pure relation
taxonomique entre les espèces (ROCKLIN, 2004).
∆
+
= 2 ∗
ΣΣi < j ωij
S(S − 1)
Ici, ωij est le poids donné à la longueur du chemin reliant l’espèce i et j dans l’arbre
taxonomique, et S le nombre d’espèces observées.