Chapitre III : Résultats et discussion
-46parameters. Pour estimer la robustesse des nœuds, un test de bootstrap est effectué à 1000 réplicats.
La longueur des branches est proportionelle au nombre de nucléotide différentes entre les
séquences, elle est importante entre deux espèces différentes (variation inter spécifique) et faible ou
inexistante entre les individus de la même espèce (variation intra spécifique).
Certaines espèces sont représentées par plusieurs individus tandis que d’autre ne le sont que par un
seul spécimen, dans ce cas, nous avons opté pour l’ajout d’individus de la base de donnée « Bold »
dans le but d’augmenter l’effectif et confirmer les résultats si c’est dû à une erreur de manipulation
ou d’identification ou c’est réellement le cas.
Les espèces dans les arbres sont présentées de la manière suivante : code, nom scientifique, pays et
mer ou océan ces derniers sont indiqués par leur initiales (pour les pays, A : Algérie, C : Chypre,
AC : Açores, E : Espagne, F : France , I : Italie, P : Portugal, T : Tunisie, pour les mers et les
océans, A : Océan Atlantique et M : Mer Mediterranée)
Les photos présentais dans le phylogramme corrésepondent aux individus qui ont servi à l’analyse
moléculaire (source des photos : Iglesias, 2014), le museau est alligné avec le code corréspondant.
A leur droite se trouve les individus qui leur corréspondent de l’étude morphologique et
morphométrique.
32 spécimens appartenant à la famille de Scorpaenidae dont 19 proviennent de l’Algérie sont
séquencés et utilisés pour établir l’arbre phylogénétique des représentants du genre Scorpaena (fig.
3.11). La matrice des distances génétiques intra-spécifiques et interspécifiques qui a permis de
schématiser les relations phylogénétiques sous forme de phylogramme est présentée dans le tableau
3.4. Dactylopterus volitans (Linnaeus, 1758) qu’est une espèce appartenant à la famille des
Triglidae est utilisée comme un groupe externe pour enraciner l’arbre phylogénétique.
6 clusters se sont formés correspondant aux 6 espèces considérées. Parmi lesquels, seule l’espèce S.
loppei qui n’a pas été présente dans notre échantillonnage pour l’étude morphologique et
morphométrique est représentée par un seul individu.
Les espèces S. loppei et S. notata qui parfois se confondent morphologiquement sont éloignés et
présentent une divergence génétique de 18.30%, la plus petite valeur de cette dernière est observée
entre S. scrofa et S. elongata et qui est de 6.01%.
Les plus grandes distances observées (supérieure à 24%) correspondent à la divergence génétique
entre l’espèce S. maderensis et les autres espèces. Dans l’arbre phylogénétique, elle est la première
à se séparer des autres puis vient ensuite S. porcus.
Les séquences du COI ont montré une faible distance intra-spécifique, la plus petite valeur observée
est entre les spécimens de S. porcus, la plus grande qui est de 1.24 est entre les individus de S.
scrofa.
-46parameters. Pour estimer la robustesse des nœuds, un test de bootstrap est effectué à 1000 réplicats.
La longueur des branches est proportionelle au nombre de nucléotide différentes entre les
séquences, elle est importante entre deux espèces différentes (variation inter spécifique) et faible ou
inexistante entre les individus de la même espèce (variation intra spécifique).
Certaines espèces sont représentées par plusieurs individus tandis que d’autre ne le sont que par un
seul spécimen, dans ce cas, nous avons opté pour l’ajout d’individus de la base de donnée « Bold »
dans le but d’augmenter l’effectif et confirmer les résultats si c’est dû à une erreur de manipulation
ou d’identification ou c’est réellement le cas.
Les espèces dans les arbres sont présentées de la manière suivante : code, nom scientifique, pays et
mer ou océan ces derniers sont indiqués par leur initiales (pour les pays, A : Algérie, C : Chypre,
AC : Açores, E : Espagne, F : France , I : Italie, P : Portugal, T : Tunisie, pour les mers et les
océans, A : Océan Atlantique et M : Mer Mediterranée)
Les photos présentais dans le phylogramme corrésepondent aux individus qui ont servi à l’analyse
moléculaire (source des photos : Iglesias, 2014), le museau est alligné avec le code corréspondant.
A leur droite se trouve les individus qui leur corréspondent de l’étude morphologique et
morphométrique.
32 spécimens appartenant à la famille de Scorpaenidae dont 19 proviennent de l’Algérie sont
séquencés et utilisés pour établir l’arbre phylogénétique des représentants du genre Scorpaena (fig.
3.11). La matrice des distances génétiques intra-spécifiques et interspécifiques qui a permis de
schématiser les relations phylogénétiques sous forme de phylogramme est présentée dans le tableau
3.4. Dactylopterus volitans (Linnaeus, 1758) qu’est une espèce appartenant à la famille des
Triglidae est utilisée comme un groupe externe pour enraciner l’arbre phylogénétique.
6 clusters se sont formés correspondant aux 6 espèces considérées. Parmi lesquels, seule l’espèce S.
loppei qui n’a pas été présente dans notre échantillonnage pour l’étude morphologique et
morphométrique est représentée par un seul individu.
Les espèces S. loppei et S. notata qui parfois se confondent morphologiquement sont éloignés et
présentent une divergence génétique de 18.30%, la plus petite valeur de cette dernière est observée
entre S. scrofa et S. elongata et qui est de 6.01%.
Les plus grandes distances observées (supérieure à 24%) correspondent à la divergence génétique
entre l’espèce S. maderensis et les autres espèces. Dans l’arbre phylogénétique, elle est la première
à se séparer des autres puis vient ensuite S. porcus.
Les séquences du COI ont montré une faible distance intra-spécifique, la plus petite valeur observée
est entre les spécimens de S. porcus, la plus grande qui est de 1.24 est entre les individus de S.
scrofa.