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deux espèces et suffisamment universelle pour 13 pouvoir être utilisée sur un large spectre
d’organismes.
Le choix s’est porté sur un gène mitochondrial (aux dépens de l’ADN nucléaire) et plus
particulièrement la partie 5’ du gène mitochondrial codant pour la cytochrome oxydase I
(COI) (658 paires de bases), a été choisie comme barcode moléculaire universel, qui fournit
une forte résolution au niveau des espèces pour différents groupes notamment les poissons
(Bhattacharjee, et al.,2012) (Trivedi, et al., 2014).
Cytochrome oxydase (COI), une protéine qui intervient dans la chaîne respiratoire de la
mitochondrie (cycle de Krebs). Elle est fortement conservée à travers les espèces qui
emploient la phosphorylation oxydative dans leur métabolisme (Okassa, 2010).
Outre que la présence de ce gène chez toutes les espèces animales :
1. Le gène choisi est codant. Il n’y a donc pas d’introns. De plus, il y a peu de délétions et
d’insertions. De ce fait, les problèmes d’alignements des séquences et les analogies sont
limités.
2. Il existe plusieurs copies par cellule, ce qui facilite la phase d’amplification,
3. Le taux de mutation plus élevé de l’ADN mitochondrial comparativement à l’ADN
nucléaire constitue un avantage à son utilisation comme marqueur moléculaire pour
différencier des entités spécifiques (Brown, et al 1979).
4. Enfin, la transmission maternelle garantit l’absence de recombinaisons entre les
chromosomes maternels et paternels, ce qui permet de retracer plus aisément l’histoire
évolutive d’une lignée sans les «interférences» des recombinaisons.
- Principe
Le barcode se base sur une comparaison entre une séquence d’ADN avec d’autres séquences
d’une base de données réalisé dans le cadre d’un projet internationale, le consortium pour le
code-barre de la vie, (Okassa, 2010).
-Avantage
Le barcode est présenté comme une solution pour la délimitation : d’espèces cryptiques
(organismes identiques morphologiquement mais présentant une divergence génétique
importante (Bickford, et al, 2007) et pseudo-cryptiques (organismes avec une divergence
génétique importante mais pouvant être distingués morphologiquement).
deux espèces et suffisamment universelle pour 13 pouvoir être utilisée sur un large spectre
d’organismes.
Le choix s’est porté sur un gène mitochondrial (aux dépens de l’ADN nucléaire) et plus
particulièrement la partie 5’ du gène mitochondrial codant pour la cytochrome oxydase I
(COI) (658 paires de bases), a été choisie comme barcode moléculaire universel, qui fournit
une forte résolution au niveau des espèces pour différents groupes notamment les poissons
(Bhattacharjee, et al.,2012) (Trivedi, et al., 2014).
Cytochrome oxydase (COI), une protéine qui intervient dans la chaîne respiratoire de la
mitochondrie (cycle de Krebs). Elle est fortement conservée à travers les espèces qui
emploient la phosphorylation oxydative dans leur métabolisme (Okassa, 2010).
Outre que la présence de ce gène chez toutes les espèces animales :
1. Le gène choisi est codant. Il n’y a donc pas d’introns. De plus, il y a peu de délétions et
d’insertions. De ce fait, les problèmes d’alignements des séquences et les analogies sont
limités.
2. Il existe plusieurs copies par cellule, ce qui facilite la phase d’amplification,
3. Le taux de mutation plus élevé de l’ADN mitochondrial comparativement à l’ADN
nucléaire constitue un avantage à son utilisation comme marqueur moléculaire pour
différencier des entités spécifiques (Brown, et al 1979).
4. Enfin, la transmission maternelle garantit l’absence de recombinaisons entre les
chromosomes maternels et paternels, ce qui permet de retracer plus aisément l’histoire
évolutive d’une lignée sans les «interférences» des recombinaisons.
- Principe
Le barcode se base sur une comparaison entre une séquence d’ADN avec d’autres séquences
d’une base de données réalisé dans le cadre d’un projet internationale, le consortium pour le
code-barre de la vie, (Okassa, 2010).
-Avantage
Le barcode est présenté comme une solution pour la délimitation : d’espèces cryptiques
(organismes identiques morphologiquement mais présentant une divergence génétique
importante (Bickford, et al, 2007) et pseudo-cryptiques (organismes avec une divergence
génétique importante mais pouvant être distingués morphologiquement).