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Le désavantage le plus important associé à l’utilisation des balises moléculaires est le design
des sondes d’hybridation. Un design optimal du tronc des balises moléculaires est crucial
(Poitras et Houde, 2002).
Plusieurs variantes de cette technologie comme les Sunrise primers (maintenant sous
appellation commerciale Amplifluor TM hairpin primers) (Nazarenko et al, 1997; Myakishev
et al, 2001), les cyclicons (Kandimalla et Agrawal, 2000) et les amorces scorpion (Mhlanga
et Malmberg, 2001) ont été proposées pour la détection d’acides nucléiques spécifiques dans
des solutions homogènes (Poitras et Houde, 2002).
-Amorces scorpion (Scorpion primer: self-fluorescing amplicon)
Al, 1999; Thelwell et al, 2000; Mackay et al, 2002). Thelwell et al (2000) rapportent que la
technologie amorce/sonde scorpion est généralement plus efficace que les technologies
Taqman et balises moléculaires, particulièrement dans un programme de PCR possédant des
cycles très courts (Poitras et Houde, 2002).
-Cycle seuil (Threshold cycle)
Le concept du « cycle seuil » est à la base d’une quantification précise et reproductible pour
les techniques fluorescentes en PCR. Les valeurs de fluorescence sont enregistrées au cours
de chaque cycle et représentent la quantité d’amplicons produits en un point précis dans la
réaction (figure 9). Plus il y a de matrices (template) à amplifier au départ de la réaction PCR,
moins élevé sera le nombre de cycle requis pour atteindre un point où le signal d’émission de
fluorescence sera statistiquement etsignificativement plus élevé que le bruit de fond (Gibson
et al, 1996). Ce point est défini comme étant le cycle seuil (Ct) et apparaîtra toujours au cours
de la phase exponentielle d’amplification. Par conséquent, la quantification n’est pas affectée
par l’épuisement d’un des réactifs comme lors de la phase plateau ce qui explique pourquoi le
système en temps réel est si reproductible. La valeur du Ct peut être traduite en un résultat
quantitatif en le comparant avec les valeurs du Ct générées avec des matrices de
quantification connues (Bustin, 2000) (Poitras et Houde, 2002).
Le désavantage le plus important associé à l’utilisation des balises moléculaires est le design
des sondes d’hybridation. Un design optimal du tronc des balises moléculaires est crucial
(Poitras et Houde, 2002).
Plusieurs variantes de cette technologie comme les Sunrise primers (maintenant sous
appellation commerciale Amplifluor TM hairpin primers) (Nazarenko et al, 1997; Myakishev
et al, 2001), les cyclicons (Kandimalla et Agrawal, 2000) et les amorces scorpion (Mhlanga
et Malmberg, 2001) ont été proposées pour la détection d’acides nucléiques spécifiques dans
des solutions homogènes (Poitras et Houde, 2002).
-Amorces scorpion (Scorpion primer: self-fluorescing amplicon)
Al, 1999; Thelwell et al, 2000; Mackay et al, 2002). Thelwell et al (2000) rapportent que la
technologie amorce/sonde scorpion est généralement plus efficace que les technologies
Taqman et balises moléculaires, particulièrement dans un programme de PCR possédant des
cycles très courts (Poitras et Houde, 2002).
-Cycle seuil (Threshold cycle)
Le concept du « cycle seuil » est à la base d’une quantification précise et reproductible pour
les techniques fluorescentes en PCR. Les valeurs de fluorescence sont enregistrées au cours
de chaque cycle et représentent la quantité d’amplicons produits en un point précis dans la
réaction (figure 9). Plus il y a de matrices (template) à amplifier au départ de la réaction PCR,
moins élevé sera le nombre de cycle requis pour atteindre un point où le signal d’émission de
fluorescence sera statistiquement etsignificativement plus élevé que le bruit de fond (Gibson
et al, 1996). Ce point est défini comme étant le cycle seuil (Ct) et apparaîtra toujours au cours
de la phase exponentielle d’amplification. Par conséquent, la quantification n’est pas affectée
par l’épuisement d’un des réactifs comme lors de la phase plateau ce qui explique pourquoi le
système en temps réel est si reproductible. La valeur du Ct peut être traduite en un résultat
quantitatif en le comparant avec les valeurs du Ct générées avec des matrices de
quantification connues (Bustin, 2000) (Poitras et Houde, 2002).