Chapitre 7. Maintenance des sessions
333
Mac
Une documentation sp´ ecifique pour les utilisateurs Mac sera disponible
sur le site internet associ´ e `
a ce livre.
Vous devrez donc commencer par installer les trois logiciels suivants :
– la derni` ere version de Rtools disponible ici : http://cran.r-project.
org/bin/windows/Rtools ;
– http://www.biostatisticien.eu/springeR/htmlhelp.exe ;
– une version compl` ete de Tex Live. Pour cela, t´ el´ echargez le fichier http:
//mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip et
d´ ecompressez-le dans un dossier temporaire. Puis double-cliquez sur le fichier install-tl-advance.bat. Une interface graphique d’installation est alors
affich´ ee qui vous guidera dans l’installation de Tex Live.
Voici ` a pr´ esent la proc´ edure `
a suivre pour cr´ eer un package pour le logiciel R :
– lancez R ;
– importez dans l’espace de travail les jeux de donn´ ees et les fonctions que
vous voulez int´ egrer `
a votre package ;
– utilisez la fonction package.skeleton() afin de cr´ eer l’arborescence de
votre package. Cette fonction comprend un certain nombre de param` etres
qu’il est utile de renseigner :
• name : une chaˆ ıne de caract` eres contenant le nom du package,
• list : un vecteur de chaˆ ınes de caract` eres, sp´ ecifiant les diff´ erents objets (donn´ ees et fonctions) ` a int´ egrer au package,
• path : une chaˆ ıne de caract` eres contenant le chemin vers un dossier
dans lequel l’arborescence de votre package sera cr´ e´ ee ;
– l’appel de cette fonction permet de cr´ eer un dossier (enregistr´ e dans votre
r´ epertoire courant) contenant les fichiers et les sous-dossiers constituant
votre package. Il faut alors modifier certains de ces fichiers comme cela est
d´ ecrit dans le fichier Read-and-delete-me pr´ esent dans le dossier de votre
package ;
– il vous reste une derni` ere op´ eration ` a effectuer qui consiste ` a construire
le fichier d’extension .zip qui contiendra une version remani´ ee par R
de votre arborescence. Pour cela, les commandes suivantes devront ˆ etre
ex´ ecut´ ees dans une fenˆ etre de commandes MS-DOS :
• R CMD check NomPackage
• R CMD INSTALL --build NomPackage
Astuce
Si votre code appelle des fonctions C/C++ ou Fortran, les fichiers contenant le code source de ces fonctions doivent ˆ etre plac´ es dans un dossier
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Mac
Une documentation sp´ ecifique pour les utilisateurs Mac sera disponible
sur le site internet associ´ e `
a ce livre.
Vous devrez donc commencer par installer les trois logiciels suivants :
– la derni` ere version de Rtools disponible ici : http://cran.r-project.
org/bin/windows/Rtools ;
– http://www.biostatisticien.eu/springeR/htmlhelp.exe ;
– une version compl` ete de Tex Live. Pour cela, t´ el´ echargez le fichier http:
//mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip et
d´ ecompressez-le dans un dossier temporaire. Puis double-cliquez sur le fichier install-tl-advance.bat. Une interface graphique d’installation est alors
affich´ ee qui vous guidera dans l’installation de Tex Live.
Voici ` a pr´ esent la proc´ edure `
a suivre pour cr´ eer un package pour le logiciel R :
– lancez R ;
– importez dans l’espace de travail les jeux de donn´ ees et les fonctions que
vous voulez int´ egrer `
a votre package ;
– utilisez la fonction package.skeleton() afin de cr´ eer l’arborescence de
votre package. Cette fonction comprend un certain nombre de param` etres
qu’il est utile de renseigner :
• name : une chaˆ ıne de caract` eres contenant le nom du package,
• list : un vecteur de chaˆ ınes de caract` eres, sp´ ecifiant les diff´ erents objets (donn´ ees et fonctions) ` a int´ egrer au package,
• path : une chaˆ ıne de caract` eres contenant le chemin vers un dossier
dans lequel l’arborescence de votre package sera cr´ e´ ee ;
– l’appel de cette fonction permet de cr´ eer un dossier (enregistr´ e dans votre
r´ epertoire courant) contenant les fichiers et les sous-dossiers constituant
votre package. Il faut alors modifier certains de ces fichiers comme cela est
d´ ecrit dans le fichier Read-and-delete-me pr´ esent dans le dossier de votre
package ;
– il vous reste une derni` ere op´ eration ` a effectuer qui consiste ` a construire
le fichier d’extension .zip qui contiendra une version remani´ ee par R
de votre arborescence. Pour cela, les commandes suivantes devront ˆ etre
ex´ ecut´ ees dans une fenˆ etre de commandes MS-DOS :
• R CMD check NomPackage
• R CMD INSTALL --build NomPackage
Astuce
Si votre code appelle des fonctions C/C++ ou Fortran, les fichiers contenant le code source de ces fonctions doivent ˆ etre plac´ es dans un dossier