Chapitre 7. Maintenance des sessions
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SECTION 7.9
† Utiliser R en mode BATCH
Il est possible de lancer une succession d’instructions R en mode BATCH. Ce
mode signifie que R se lance pour ex´ ecuter automatiquement une suite d’instructions en tˆ ache de fond, puis lorsqu’il a termin´ e son travail, il se ferme.
• Ce mode s’obtient en lan¸ cant l’instruction suivante dans une fenˆ etre DOS (ou
une fenˆ etre terminal LINUX ou Mac) :
R CMD BATCH monfichier.R sortie.out
Le fichier monfichier.R doit contenir la liste d’instructions R ` a traiter et le
fichier sortie.out contiendra les ´ eventuels messages et sorties affich´ es par R.
Attention
Notez que vous devrez r´ egler la variable d’environnement syst` eme PATH
afin qu’elle contienne le chemin vers l’ex´ ecutable Rgui.exe. Voir l’encadr´ e
Attention `
a la page 253.
• On peut aussi utiliser ce mode lorsque l’on veut lancer des simulations sur
une station de travail UNIX/LINUX distante (accessible via la commande ssh).
Dans ce cas pr´ ecis, il faut alors rajouter la commande LINUX nohup.
nohup /chemin/vers/executable/R CMD BATCH monfichier.R sortie.out &
Linux
Sous Linux, pour trouver le /chemin/vers/executable/ de R, il suffit
de taper l’instruction suivante dans un terminal : which R.
Il est aussi possible de cr´ eer un script R qui pourra ˆ etre ex´ ecut´ e sans avoir
besoin d’ouvrir R au pr´ ealable. Pour cela, t´ el´ echargez puis modifiez le fichier
http://biostatisticien.eu/springeR/runthis.bat.
Renvoi
Le lecteur int´ eress´ e pourra consulter avec profit l’adresse http://cran.
r-project.org/contrib/extra/batchfiles.
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SECTION 7.9
† Utiliser R en mode BATCH
Il est possible de lancer une succession d’instructions R en mode BATCH. Ce
mode signifie que R se lance pour ex´ ecuter automatiquement une suite d’instructions en tˆ ache de fond, puis lorsqu’il a termin´ e son travail, il se ferme.
• Ce mode s’obtient en lan¸ cant l’instruction suivante dans une fenˆ etre DOS (ou
une fenˆ etre terminal LINUX ou Mac) :
R CMD BATCH monfichier.R sortie.out
Le fichier monfichier.R doit contenir la liste d’instructions R ` a traiter et le
fichier sortie.out contiendra les ´ eventuels messages et sorties affich´ es par R.
Attention
Notez que vous devrez r´ egler la variable d’environnement syst` eme PATH
afin qu’elle contienne le chemin vers l’ex´ ecutable Rgui.exe. Voir l’encadr´ e
Attention `
a la page 253.
• On peut aussi utiliser ce mode lorsque l’on veut lancer des simulations sur
une station de travail UNIX/LINUX distante (accessible via la commande ssh).
Dans ce cas pr´ ecis, il faut alors rajouter la commande LINUX nohup.
nohup /chemin/vers/executable/R CMD BATCH monfichier.R sortie.out &
Linux
Sous Linux, pour trouver le /chemin/vers/executable/ de R, il suffit
de taper l’instruction suivante dans un terminal : which R.
Il est aussi possible de cr´ eer un script R qui pourra ˆ etre ex´ ecut´ e sans avoir
besoin d’ouvrir R au pr´ ealable. Pour cela, t´ el´ echargez puis modifiez le fichier
http://biostatisticien.eu/springeR/runthis.bat.
Renvoi
Le lecteur int´ eress´ e pourra consulter avec profit l’adresse http://cran.
r-project.org/contrib/extra/batchfiles.