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Le logiciel R - Maˆ ıtriser le langage
– le menu Fichier/Sourcer du code R... permet de transf´ erer une suite
d’instructions R (contenues dans un fichier) directement dans la console.
Cette commande pr´ esente l’avantage additionnel de v´ erifier la syntaxe du
code R contenu dans le fichier avant de le transf´ erer. Il est ´ equivalent de
taper source(file.choose()) dans la console ;
– le logiciel R contient de nombreuses fonctions de manipulation de fichiers
et de r´ epertoires pr´ esents sur le disque :
file.create(), file.exists(), file.remove(), file.rename(),
file.append(), file.copy(), file.symlink(), dir.create(),
Sys.chmod(), Sys.umask(), file.info(), file.access(), file.path(),
file.show(), list.files(), unlink(), basename(), path.expand().
Par exemple, la commande list.files() renvoie un vecteur de chaˆ ınes
de caract` eres des noms des fichiers pr´ esents dans le r´ epertoire sp´ ecifi´ e. La
commande file.exists() permet de savoir si un fichier existe dans un
r´ epertoire donn´ e. La consultation du fichier d’aide de toutes ces fonctions
permettra de s’informer du d´ etail de leur fonctionnement.
SECTION 7.8
† La gestion de la m´ emoire
Dans cette section, nous allons nous int´ eresser `
a la gestion de la m´ emoire
par l’ordinateur en g´ en´ eral et par R en particulier. Nous allons essayer de comprendre pourquoi surviennent des messages d’erreur renvoy´ es par R comme :
ne peut allouer un vecteur de taille xxx
Nous verrons ´ egalement comment il est possible de travailler avec des vecteurs
ou des matrices de grande dimension.
Avant de fournir des indications sur la fa¸ con de g´ erer des probl` emes de
m´ emoire en R, nous devons commencer par donner quelques explications succinctes sur le fonctionnement interne d’un ordinateur. Lorsqu’un programme R
est ex´ ecut´ e, les composants internes de l’ordinateur qui sont sollicit´ es sont :
– le disque dur (qui contient les fichiers de code ou de donn´ ees) ;
– le processeur (qui ex´ ecute les calculs ; il existe des processeurs dits 32 bits
et des processeurs dits 64 bits) ;
– et la m´ emoire vive, encore appel´ ee RAM (pour Random Access Memory),
qui contient de fa¸ con temporaire les donn´ ees qui seront utilis´ ees par le
processeur pour effectuer les calculs.
Dans ce qui suit, on va surtout s’int´ eresser `
a la RAM, mˆ eme si on parlera un
peu du processeur. Le principal int´ erˆ et de la RAM par rapport au disque dur
est qu’elle est d’un acc` es tr` es rapide. Dans un ordinateur, le processeur acc` ede
aux instructions du programme ` a ex´ ecuter ainsi qu’aux donn´ ees n´ ecessaires ` a
son ex´ ecution depuis la m´ emoire vive.
Le logiciel R - Maˆ ıtriser le langage
– le menu Fichier/Sourcer du code R... permet de transf´ erer une suite
d’instructions R (contenues dans un fichier) directement dans la console.
Cette commande pr´ esente l’avantage additionnel de v´ erifier la syntaxe du
code R contenu dans le fichier avant de le transf´ erer. Il est ´ equivalent de
taper source(file.choose()) dans la console ;
– le logiciel R contient de nombreuses fonctions de manipulation de fichiers
et de r´ epertoires pr´ esents sur le disque :
file.create(), file.exists(), file.remove(), file.rename(),
file.append(), file.copy(), file.symlink(), dir.create(),
Sys.chmod(), Sys.umask(), file.info(), file.access(), file.path(),
file.show(), list.files(), unlink(), basename(), path.expand().
Par exemple, la commande list.files() renvoie un vecteur de chaˆ ınes
de caract` eres des noms des fichiers pr´ esents dans le r´ epertoire sp´ ecifi´ e. La
commande file.exists() permet de savoir si un fichier existe dans un
r´ epertoire donn´ e. La consultation du fichier d’aide de toutes ces fonctions
permettra de s’informer du d´ etail de leur fonctionnement.
SECTION 7.8
† La gestion de la m´ emoire
Dans cette section, nous allons nous int´ eresser `
a la gestion de la m´ emoire
par l’ordinateur en g´ en´ eral et par R en particulier. Nous allons essayer de comprendre pourquoi surviennent des messages d’erreur renvoy´ es par R comme :
ne peut allouer un vecteur de taille xxx
Nous verrons ´ egalement comment il est possible de travailler avec des vecteurs
ou des matrices de grande dimension.
Avant de fournir des indications sur la fa¸ con de g´ erer des probl` emes de
m´ emoire en R, nous devons commencer par donner quelques explications succinctes sur le fonctionnement interne d’un ordinateur. Lorsqu’un programme R
est ex´ ecut´ e, les composants internes de l’ordinateur qui sont sollicit´ es sont :
– le disque dur (qui contient les fichiers de code ou de donn´ ees) ;
– le processeur (qui ex´ ecute les calculs ; il existe des processeurs dits 32 bits
et des processeurs dits 64 bits) ;
– et la m´ emoire vive, encore appel´ ee RAM (pour Random Access Memory),
qui contient de fa¸ con temporaire les donn´ ees qui seront utilis´ ees par le
processeur pour effectuer les calculs.
Dans ce qui suit, on va surtout s’int´ eresser `
a la RAM, mˆ eme si on parlera un
peu du processeur. Le principal int´ erˆ et de la RAM par rapport au disque dur
est qu’elle est d’un acc` es tr` es rapide. Dans un ordinateur, le processeur acc` ede
aux instructions du programme ` a ex´ ecuter ainsi qu’aux donn´ ees n´ ecessaires ` a
son ex´ ecution depuis la m´ emoire vive.