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Le logiciel R - Maˆ ıtriser le langage
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
Ceci nous mettra tr` es certainement la puce ` a l’oreille qu’il y a une erreur `
a cet
endroit. Nous pourrons alors corriger l’erreur, par exemple en utilisant l’instruction fix(combnRC).
Au passage, vous avez sans doute remarqu´ e que l’utilisation de la fonction
mtrace() ne nous a pas permis de rentrer plus profond´ ement dans l’appel suivant :
.C("combnC",res=as.integer(combmat),as.integer(n),
as.integer(m))
6.6.3 Erreur dans le code C/C++ ou Fortran
Nous allons ` a pr´ esent voir comment il est possible d’effectuer le mˆ eme genre
d’op´ eration de d´ ebogage, pour une partie de code ´ ecrite en langage C/C++ ou
Fortran. Il s’agira essentiellement d’utiliser l’option de compilation -g pour
rajouter des informations sur le code source dans le fichier DLL cr´ e´ e, et ensuite
d’utiliser un outil de d´ ebogage sp´ ecialis´ e.
Attention
Vous aurez besoin d’installer un outil de d´ ebogage. Nous conseillons
l’utilisation du logiciel libre GDB. T´ el´ echargez la version 7.4 (32 bits)
` a l’adresse http://biostatisticien.eu/springeR/32/gdb.exe et
placez-la dans le dossier C:\Rtools\bin. Ce logiciel s’utilise en ligne de
commande et est un peu aust` ere. Il est donc utile de lui adjoindre une
interface graphique (ou Graphical User Interface GUI), comme le Data
Display Debugger (dont l’acronyme est DDD) ou Emacs. Une autre option
int´ eressante, sous Microsoft Windows, est le logiciel Insight, contenu dans
l’ensemble d’outils MinGW, disponible ` a l’adresse http://sourceforge.
net/projects/mingw/files/OldFiles/insight.exe/download. Toutefois, ce dernier logiciel semble tomber en d´ esu´ etude. Si vous essayez de
l’utiliser, pensez ` a modifier la variable d’environnement syst` eme Path pour
indiquer le chemin d’acc` es vers Insight (probablement C:\insight\bin),
comme cela est expliqu´ e en page 253.
Sous Microsoft Windows, vous devrez installer la version du logiciel Emacs disponible ` a l’adresse http://vgoulet.act.ulaval.ca/emacs/
windows. Le logiciel DDD est un peu plus compliqu´ e `
a utiliser sous Windows. Vous devez lancer le programme d’installation de Cygwin (disponible ` a l’adresse http://cygwin.com/install.html), choisir comme dos-
Le logiciel R - Maˆ ıtriser le langage
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Ceci nous mettra tr` es certainement la puce ` a l’oreille qu’il y a une erreur `
a cet
endroit. Nous pourrons alors corriger l’erreur, par exemple en utilisant l’instruction fix(combnRC).
Au passage, vous avez sans doute remarqu´ e que l’utilisation de la fonction
mtrace() ne nous a pas permis de rentrer plus profond´ ement dans l’appel suivant :
.C("combnC",res=as.integer(combmat),as.integer(n),
as.integer(m))
6.6.3 Erreur dans le code C/C++ ou Fortran
Nous allons ` a pr´ esent voir comment il est possible d’effectuer le mˆ eme genre
d’op´ eration de d´ ebogage, pour une partie de code ´ ecrite en langage C/C++ ou
Fortran. Il s’agira essentiellement d’utiliser l’option de compilation -g pour
rajouter des informations sur le code source dans le fichier DLL cr´ e´ e, et ensuite
d’utiliser un outil de d´ ebogage sp´ ecialis´ e.
Attention
Vous aurez besoin d’installer un outil de d´ ebogage. Nous conseillons
l’utilisation du logiciel libre GDB. T´ el´ echargez la version 7.4 (32 bits)
` a l’adresse http://biostatisticien.eu/springeR/32/gdb.exe et
placez-la dans le dossier C:\Rtools\bin. Ce logiciel s’utilise en ligne de
commande et est un peu aust` ere. Il est donc utile de lui adjoindre une
interface graphique (ou Graphical User Interface GUI), comme le Data
Display Debugger (dont l’acronyme est DDD) ou Emacs. Une autre option
int´ eressante, sous Microsoft Windows, est le logiciel Insight, contenu dans
l’ensemble d’outils MinGW, disponible ` a l’adresse http://sourceforge.
net/projects/mingw/files/OldFiles/insight.exe/download. Toutefois, ce dernier logiciel semble tomber en d´ esu´ etude. Si vous essayez de
l’utiliser, pensez ` a modifier la variable d’environnement syst` eme Path pour
indiquer le chemin d’acc` es vers Insight (probablement C:\insight\bin),
comme cela est expliqu´ e en page 253.
Sous Microsoft Windows, vous devrez installer la version du logiciel Emacs disponible ` a l’adresse http://vgoulet.act.ulaval.ca/emacs/
windows. Le logiciel DDD est un peu plus compliqu´ e `
a utiliser sous Windows. Vous devez lancer le programme d’installation de Cygwin (disponible ` a l’adresse http://cygwin.com/install.html), choisir comme dos-