Chapitre 6. Programmation en R
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l’API C du syst` eme R vers ce nouvel environnement reposant sur le package
Rcpp. Le choix de ne pas l’introduire dans ce livre est surtout motiv´ e par
le fait qu’il existe d´ ej` a un livre complet d´ edi´ e `
a ce package [21] et que la
documentation propos´ ee par les auteurs est abondante. Les notions abord´ ees dans cette section sont aussi une bonne mise ` a l’´ etrier pour d´ ecouvrir
le d´ eveloppement via le package Rcpp.
Attention
Avant de d´ ebuter, il vous faut installer des compilateurs C/C++ et
Fortran, puisque le syst` eme Microsoft Windows n’en est pas pourvu
par d´ efaut. Le gratuiciel Rtools, contenant plusieurs outils issus du
monde Linux, a ´ et´ e con¸ cu pour cela. Il est disponible ` a l’adresse
http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools. Choisissez Full
installation to build 32 or 64 bit R 2.14.2+ si vous avez un
processeur 64 bits. Cochez la case appropri´ ee lors de l’installation de
Rtools, afin que la variable PATH soit correctement configur´ ee pour
ce logiciel. Il faut aussi modifier la variable d’environnement syst` eme
Path afin qu’elle contienne le chemin d’acc` es vers le dossier du logiciel
R (une fa¸ con de connaˆ ıtre ce chemin consiste ` a effectuer un clic droit
sur l’icˆ one de R pr´ esent sur le bureau, afin d’en afficher les propri´ et´ es).
Ceci donnera la possibilit´ e d’appeler le logiciel R depuis une fenˆ etre
de commandes MS-DOS, comme cela sera pr´ esent´ e un peu plus loin.
Pour cela, faites un clic droit sur le bureau de Windows, s´ electionnez
Nouveau/Raccourci, puis entrez l’instruction suivante dans la fenˆ etre qui
s’affiche : control.exe sysdm.cpl,System,3
Apr` es avoir cr´ e´ e ce raccourci sur le bureau, double-cliquez dessus, et dans
la fenˆ etre qui s’ouvre, cliquez sur Variables d’environnement....
Modifiez alors la valeur de la variable syst` eme Path pour y
ajouter au d´ ebut (en utilisant le ; comme s´ eparateur) le chemin d’acc` es vers le dossier contenant l’ex´ ecutable R (qui devrait ressembler ` a C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\i386 ou
C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\x64) et ceux vers les dossiers de Rtools (qui devraient ressembler ` a C:\Rtools\bin et
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin), si ce n’est pas d´ ej` a fait.
6.5.1 Cr´ eation et ex´ ecution d’une fonction C/C++
ou Fortran
Voyons maintenant, sur un premier exemple, comment il est possible d’acc´ el´ erer l’ex´ ecution d’un programme en utilisant le langage C/C++ ou Fortran.
La fonction R combn() permet de g´ en´ erer toutes les combinaisons d’un certain nombre d’´ el´ ements pioch´ es dans un vecteur donn´ e. Ainsi, l’instruction
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l’API C du syst` eme R vers ce nouvel environnement reposant sur le package
Rcpp. Le choix de ne pas l’introduire dans ce livre est surtout motiv´ e par
le fait qu’il existe d´ ej` a un livre complet d´ edi´ e `
a ce package [21] et que la
documentation propos´ ee par les auteurs est abondante. Les notions abord´ ees dans cette section sont aussi une bonne mise ` a l’´ etrier pour d´ ecouvrir
le d´ eveloppement via le package Rcpp.
Attention
Avant de d´ ebuter, il vous faut installer des compilateurs C/C++ et
Fortran, puisque le syst` eme Microsoft Windows n’en est pas pourvu
par d´ efaut. Le gratuiciel Rtools, contenant plusieurs outils issus du
monde Linux, a ´ et´ e con¸ cu pour cela. Il est disponible ` a l’adresse
http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools. Choisissez Full
installation to build 32 or 64 bit R 2.14.2+ si vous avez un
processeur 64 bits. Cochez la case appropri´ ee lors de l’installation de
Rtools, afin que la variable PATH soit correctement configur´ ee pour
ce logiciel. Il faut aussi modifier la variable d’environnement syst` eme
Path afin qu’elle contienne le chemin d’acc` es vers le dossier du logiciel
R (une fa¸ con de connaˆ ıtre ce chemin consiste ` a effectuer un clic droit
sur l’icˆ one de R pr´ esent sur le bureau, afin d’en afficher les propri´ et´ es).
Ceci donnera la possibilit´ e d’appeler le logiciel R depuis une fenˆ etre
de commandes MS-DOS, comme cela sera pr´ esent´ e un peu plus loin.
Pour cela, faites un clic droit sur le bureau de Windows, s´ electionnez
Nouveau/Raccourci, puis entrez l’instruction suivante dans la fenˆ etre qui
s’affiche : control.exe sysdm.cpl,System,3
Apr` es avoir cr´ e´ e ce raccourci sur le bureau, double-cliquez dessus, et dans
la fenˆ etre qui s’ouvre, cliquez sur Variables d’environnement....
Modifiez alors la valeur de la variable syst` eme Path pour y
ajouter au d´ ebut (en utilisant le ; comme s´ eparateur) le chemin d’acc` es vers le dossier contenant l’ex´ ecutable R (qui devrait ressembler ` a C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\i386 ou
C:\Program Files\R\R-3.1.0\bin\x64) et ceux vers les dossiers de Rtools (qui devraient ressembler ` a C:\Rtools\bin et
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin), si ce n’est pas d´ ej` a fait.
6.5.1 Cr´ eation et ex´ ecution d’une fonction C/C++
ou Fortran
Voyons maintenant, sur un premier exemple, comment il est possible d’acc´ el´ erer l’ex´ ecution d’un programme en utilisant le langage C/C++ ou Fortran.
La fonction R combn() permet de g´ en´ erer toutes les combinaisons d’un certain nombre d’´ el´ ements pioch´ es dans un vecteur donn´ e. Ainsi, l’instruction