xx
Le logiciel R
6.3.1.2
D´ eclaration et utilisation d’une m´ ethode d’un
objet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
224
6.3.2
Retour ` a la probl´ ematique . . . . . . . . . . . . . .
228
6.3.3
Information sur les m´ ethodes . . . . . . . . . . . . .
230
6.3.4
H´ eritage de classe . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
232
6.4 † Aller plus loin en programmation R . . . . . . . . . . . . .
236
6.4.1
Attributs R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
236
6.4.1.1
Attribut class . . . . . . . . . . . . . . .
237
6.4.1.2
Attribut dim . . . . . . . . . . . . . . . . .
238
6.4.1.3
Attributs names et dimnames . . . . . . . .
241
6.4.2
Autres objets R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
244
6.4.2.1
Expression R . . . . . . . . . . . . . . . . .
244
6.4.2.2
Formule R . . . . . . . . . . . . . . . . . .
247
6.4.2.3
Environnement R . . . . . . . . . . . . . .
249
6.5 † Interfacer R et C/C++ ou Fortran . . . . . . . . . . . . . .
251
6.5.1
Cr´ eation et ex´ ecution d’une fonction C/C++ ou Fortran . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
253
6.5.2
Appel du code C/C++ (ou Fortran) depuis R . . . .
260
6.5.3
Appel de librairies C/C++ ou Fortran externes . . .
265
6.5.3.1
L’API R . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
266
6.5.3.2
La librairie newmat . . . . . . . . . . . . .
269
6.5.3.3
Les librairies BLAS et LAPACK . . . . . . . .
271
6.5.3.4
M´ elanger des librairies C/C++ et Fortran .
274
6.5.4
Appel d’un code R depuis un programme C/C++ appel´ e
par R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
276
6.5.5
Appel d’un code R depuis un programme Fortran .
278
6.5.6
Quelques fonctions utiles . . . . . . . . . . . . . . .
278
6.6 † D´ ebogage de fonctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
279
6.6.1
D´ ebogage de fonctions en R pur . . . . . . . . . . .
279
6.6.2
Erreur dans le code R . . . . . . . . . . . . . . . . .
281
6.6.3
Erreur dans le code C/C++ ou Fortran . . . . . . .
282
6.6.4
D´ ebogage avec GDB . . . . . . . . . . . . . . . . . .
283
6.6.4.1
D´ ebogage avec Emacs . . . . . . . . . . . .
286
6.6.4.2
D´ ebogage avec DDD . . . . . . . . . . . . .
289
6.6.4.3
D´ ebogage avec Insight . . . . . . . . . . .
290
6.6.4.4
D´ etection de fuites de m´ emoire . . . . . .
294
6.7
Calcul parall` ele et calculs sur cartes graphiques . . . . . . .
297
6.7.1
Calcul parall` ele . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
297
6.7.2
Calcul sur cartes graphiques . . . . . . . . . . . . .
299
Termes ` a retenir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301
Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301
Fiche de TP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
303
Le logiciel R
6.3.1.2
D´ eclaration et utilisation d’une m´ ethode d’un
objet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
224
6.3.2
Retour ` a la probl´ ematique . . . . . . . . . . . . . .
228
6.3.3
Information sur les m´ ethodes . . . . . . . . . . . . .
230
6.3.4
H´ eritage de classe . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
232
6.4 † Aller plus loin en programmation R . . . . . . . . . . . . .
236
6.4.1
Attributs R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
236
6.4.1.1
Attribut class . . . . . . . . . . . . . . .
237
6.4.1.2
Attribut dim . . . . . . . . . . . . . . . . .
238
6.4.1.3
Attributs names et dimnames . . . . . . . .
241
6.4.2
Autres objets R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
244
6.4.2.1
Expression R . . . . . . . . . . . . . . . . .
244
6.4.2.2
Formule R . . . . . . . . . . . . . . . . . .
247
6.4.2.3
Environnement R . . . . . . . . . . . . . .
249
6.5 † Interfacer R et C/C++ ou Fortran . . . . . . . . . . . . . .
251
6.5.1
Cr´ eation et ex´ ecution d’une fonction C/C++ ou Fortran . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
253
6.5.2
Appel du code C/C++ (ou Fortran) depuis R . . . .
260
6.5.3
Appel de librairies C/C++ ou Fortran externes . . .
265
6.5.3.1
L’API R . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
266
6.5.3.2
La librairie newmat . . . . . . . . . . . . .
269
6.5.3.3
Les librairies BLAS et LAPACK . . . . . . . .
271
6.5.3.4
M´ elanger des librairies C/C++ et Fortran .
274
6.5.4
Appel d’un code R depuis un programme C/C++ appel´ e
par R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
276
6.5.5
Appel d’un code R depuis un programme Fortran .
278
6.5.6
Quelques fonctions utiles . . . . . . . . . . . . . . .
278
6.6 † D´ ebogage de fonctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
279
6.6.1
D´ ebogage de fonctions en R pur . . . . . . . . . . .
279
6.6.2
Erreur dans le code R . . . . . . . . . . . . . . . . .
281
6.6.3
Erreur dans le code C/C++ ou Fortran . . . . . . .
282
6.6.4
D´ ebogage avec GDB . . . . . . . . . . . . . . . . . .
283
6.6.4.1
D´ ebogage avec Emacs . . . . . . . . . . . .
286
6.6.4.2
D´ ebogage avec DDD . . . . . . . . . . . . .
289
6.6.4.3
D´ ebogage avec Insight . . . . . . . . . . .
290
6.6.4.4
D´ etection de fuites de m´ emoire . . . . . .
294
6.7
Calcul parall` ele et calculs sur cartes graphiques . . . . . . .
297
6.7.1
Calcul parall` ele . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
297
6.7.2
Calcul sur cartes graphiques . . . . . . . . . . . . .
299
Termes ` a retenir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301
Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301
Fiche de TP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
303