xvi
Le logiciel R
B.5
´
Etude cas t´ emoins sur l’infarctus du myocarde . . . . . . .
35
B.6
Tableau r´ esumant l’utilisation des jeux de donn´ ees . . . . .
36
I Les bases du logiciel R
37
1
Les concepts de base, l’organisation des donn´ ees
39
1.1
Votre premi` ere session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
1.1.1
R est une calculatrice . . . . . . . . . . . . . . . . .
40
1.1.2
Affichage des r´ esultats et redirection dans des variables
41
1.1.3
Strat´ egie de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . .
43
1.1.4
Utilisation de fonctions . . . . . . . . . . . . . . . .
47
1.2
Les donn´ ees dans R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
50
1.2.1
Nature (ou type, ou mode) des donn´ ees . . . . . . .
50
1.2.1.1
Type num´ erique (numeric) . . . . . . . . .
50
1.2.1.2 † Type complexe (complex) . . . . . . . . .
51
1.2.1.3
Type bool´ een ou logique (logical) . . . .
52
1.2.1.4
Donn´ ees manquantes (NA) . . . . . . . . .
52
1.2.1.5
Type chaˆ ınes de caract` eres (character) .
53
1.2.1.6 † Donn´ ees brutes (raw) . . . . . . . . . . . .
54
R´ ecapitulatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
54
1.2.2
Structures de donn´ ees . . . . . . . . . . . . . . . . .
55
1.2.2.1
Les vecteurs (vector) . . . . . . . . . . . .
55
1.2.2.2
Les matrices (matrix), les tableaux (arrays)
56
1.2.2.3
Les listes (list) . . . . . . . . . . . . . . .
58
1.2.2.4
Le tableau individus × variables (data.frame) 59
1.2.2.5
Les facteurs (factor) et les variables ordinales (ordered) . . . . . . . . . . . . . . . .
60
1.2.2.6
Les dates . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
62
1.2.2.7
Les s´ eries temporelles . . . . . . . . . . . .
62
R´ ecapitulatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
63
Termes ` a retenir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
64
Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
64
Fiche de TP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
65
2
Importation-exportation et production de donn´ ees
67
2.1
Importer des donn´ ees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
67
2.1.1
Importer des donn´ ees depuis un fichier texte ASCII
67
2.1.1.1
Lecture de donn´ ees avec read.table() . .
68
2.1.1.2
Lecture de donn´ ees avec read.ftable() .
71
2.1.1.3
Lecture de donn´ ees avec la fonction scan()
72
2.1.2
Importer des donn´ ees depuis Excel ou le tableur d’OpenOffice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
73
2.1.2.1
Utiliser le copier-coller . . . . . . . . . . .
73