Chapitre 2. Importation-exportation et production de donn´ ees
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2.1.3 Importer des donn´ ees depuis SPSS, Minitab, SAS
ou Matlab
Le tableau suivant donne les packages et les fonctions R ` a utiliser pour
importer des donn´ ees depuis quelques logiciels commerciaux usuels.
Table 2.3 – Packages et fonctions R d’importation de donn´ ees depuis quelques
logiciels usuels.
Logiciel Package
Fonction R
Extension du fichier Format du r´ esultat
SPSS
foreign
read.spss()
* .sav
list
Minitab
foreign
read.mtp()
* .mtp
list
SAS
foreign
read.xport()
* .xpt
data.frame
Matlab
R.matlab
readMat()
* .mat
list
La fonction lookup.xport() renvoie de l’information (sous la forme d’une
liste) sur la librairie SAS d’un fichier SAS XPORT d’extension * .xpt.
Attention
Notez tout d’abord que sous l’environnement Windows le package
foreign est d´ ej` a pr´ e-install´ e (mais pas charg´ e) dans R et qu’il n’est pas
possible d’en installer une autre version depuis le CRAN (qui ne dispose
que des versions Linux et Mac).
Notez maintenant les points suivants. La fonction read.spss() peut n´ ecessiter l’utilisation du param` etre reencode="utf8" sous Linux. La fonction
read.mtp() fonctionne sur des fichiers contenant uniquement des donn´ ees
num´ eriques. La fonction read.xport() ne permet actuellement pas de lire
des fichiers directement depuis l’Internet.
2.1.4 Les gros fichiers de donn´ ees
Le logiciel R est correctement outill´ e pour la lecture de gros jeux de donn´ ees. Pour cela, il faut indiquer de fa¸ con explicite le type de chacune des
colonnes. Sinon, R devra lire tout le fichier pour v´ erifier que les colonnes
num´ eriques sont bien num´ eriques (le d´ ebut du fichier pourrait par exemple
contenir des nombres, puis plus loin des chaˆ ınes de caract` eres). L’exemple suivant, issu de donn´ ees g´ enomiques r´ eput´ ees pour ˆ etre volumineuses, permet
d’illustrer ce point. Il vous faut d’abord t´ el´ echarger le fichier http://www.
biostatisticien.eu/springeR/dbsnp123.dat (50 Mo) sur votre disque dur,
puis essayer les instructions ci-apr` es.
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2.1.3 Importer des donn´ ees depuis SPSS, Minitab, SAS
ou Matlab
Le tableau suivant donne les packages et les fonctions R ` a utiliser pour
importer des donn´ ees depuis quelques logiciels commerciaux usuels.
Table 2.3 – Packages et fonctions R d’importation de donn´ ees depuis quelques
logiciels usuels.
Logiciel Package
Fonction R
Extension du fichier Format du r´ esultat
SPSS
foreign
read.spss()
* .sav
list
Minitab
foreign
read.mtp()
* .mtp
list
SAS
foreign
read.xport()
* .xpt
data.frame
Matlab
R.matlab
readMat()
* .mat
list
La fonction lookup.xport() renvoie de l’information (sous la forme d’une
liste) sur la librairie SAS d’un fichier SAS XPORT d’extension * .xpt.
Attention
Notez tout d’abord que sous l’environnement Windows le package
foreign est d´ ej` a pr´ e-install´ e (mais pas charg´ e) dans R et qu’il n’est pas
possible d’en installer une autre version depuis le CRAN (qui ne dispose
que des versions Linux et Mac).
Notez maintenant les points suivants. La fonction read.spss() peut n´ ecessiter l’utilisation du param` etre reencode="utf8" sous Linux. La fonction
read.mtp() fonctionne sur des fichiers contenant uniquement des donn´ ees
num´ eriques. La fonction read.xport() ne permet actuellement pas de lire
des fichiers directement depuis l’Internet.
2.1.4 Les gros fichiers de donn´ ees
Le logiciel R est correctement outill´ e pour la lecture de gros jeux de donn´ ees. Pour cela, il faut indiquer de fa¸ con explicite le type de chacune des
colonnes. Sinon, R devra lire tout le fichier pour v´ erifier que les colonnes
num´ eriques sont bien num´ eriques (le d´ ebut du fichier pourrait par exemple
contenir des nombres, puis plus loin des chaˆ ınes de caract` eres). L’exemple suivant, issu de donn´ ees g´ enomiques r´ eput´ ees pour ˆ etre volumineuses, permet
d’illustrer ce point. Il vous faut d’abord t´ el´ echarger le fichier http://www.
biostatisticien.eu/springeR/dbsnp123.dat (50 Mo) sur votre disque dur,
puis essayer les instructions ci-apr` es.