(supposée infinie ) o ù o n pe ut e mpile r
des sy mbo les spéc ia ux qui sont e nsuite
utili sés pour définir la fo ncti o n de
tra nsitio n. La ri chesse de descriptio n a
un coû t : reconn aître un e phrase d' un
la ngage peut de mande r un no mbre
d' opérati o ns de l'ordre de n-' s in est la
longue ur de la ph rase.
Notons ici q ue les langages pe rmette nt
de structurer les tex tes de faço n logique mais égale me nt spati ale dans le
cas des macro molécul es : à une corresponda nce ent re symbo les corres po nd
vra ime nt une prox imité ph ys ique et/o u
une interacti o n chimique. A u bo ut du
co mpte , un langage est po rte ur de se ns
et savoir le décrire do nne des indi cati ons préc ieuses po ur compre ndre les
phéno mè nes à l'œ uvre.
Les langages de prog ra mmati o n e t la
desc ripti o n des pages We b reposent
sur ce type de g ra mmaire, mais est-ce
suffisant pour la bio log ie ? La ré po nse
est cla ire me nt no n. Les a ppari e me nts
qu'accepte nt les grammaires ho rs
con tex te doive nt être nécessa ire me nt
emboîtés (par exem pl e s i j ' o uvre un e
parenthèse [vo ire ic i une de uxième],
je sui s ob li gé de mettre le croche t fe rmant ava nt la pare nthèse fe rmante). Or
si o n considè re des structures d ' ARN
co mpo rtant des pseudo- nœuds comme
da ns les té lomérases , o u des proté ines
compo rtant plu sie urs ac ides aminés
POU R ALLE R PLUS LO I N . . .
, ... ~ .. --. .......
1-t al .-..
IIIM1...... a.. •
.... . .... ,, ...
tte,410,
.......... . 11
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........... 1c11uu .... 1111111>,,
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• .......... 11u1 11 .... 11 11111 ..
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.... lt!'2U ,...,., m o . u c o . . . ~ ~
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~ r . " ° " "
.....
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lff.1171
I J " t t ~ ~
•.•....•.• ,11 H u .... 11 ,,111 ..
appe lés cysté ines qui o nt te ndance à
s' asse mble r spo nta né me nt po ur fo rme r
des li aisons fo rtes. les appari e me nts
pe uve nt être dans un o rdre que lconque
par ra ppo rt à l' o rdre dans la phrase. Il
fa ut e ncore augme nte r la co mplexité
des langages e t des grammaires nécessaires. Les langages contextuels sont
e ngendrés par des grammaires é te nd ues o ù le sy mbo le no n te rminal de
gauc he e t la pa rtie d ro ite de la règle
pe ut être e ncadrée d ' a uta nt de symbo les que nécessaire ( il a un contexte
d ' appli cati o n) du mo me nt qu ' o n les
re trou ve à dro ite . Les lang ues nature lles comme les langages mo léculaires du vivant se ra ngent dans cette
catégori e, sans ex iger cepe ndant to ute
la pui ssance offe rte pa r les gramma ires
contextue ll es. Savo ir déco uvrir et modéli ser a u juste ni veau ces la ngages
de faço n à anal yser a utomatique me nt
leurs phrases reste un pass io nnant défi
de reche rche.
J .N., C.B. et F.C.
Détail des
répétitions (1111it)
d'un CRISPR, sa
structure emboîtée,
et les segments
viraux (spacer) .
La structure en
tige-boucle des
répétitions du
CRISPR précédent.
(Source : Auteur
(J.Nicolas), base
de données http://
crispi.genouesl.org/)
• The lang11age of ge 11es, Dav id Searl s. no v. 2002. Nature 420 2 11 -2 17 Ve rsio n accessible sur
ft p://ftp.c is. u pe n n .ed u/pub/cse 140/pu bl ic_html /2002/Searls. pd f
• La gra111111aire de la vie. Anto ine Da nc hin , 2009.
• htt p://www .no rmalesup.org/-adanc h in /causeri es/ grammaire. html
• Langagesfon11els. calrnlabilité et complexité. Oli vier Carto n, Pari s. Vuibe rt, co ll. « Capes-agrég » ,
oct. 2008. Version access ible sur http ://www.no rrn alesup.org/- bi sson/tea/lfcc.pdf
Hors-série n°52. L'informatique Tcingent:e
des sy mbo les spéc ia ux qui sont e nsuite
utili sés pour définir la fo ncti o n de
tra nsitio n. La ri chesse de descriptio n a
un coû t : reconn aître un e phrase d' un
la ngage peut de mande r un no mbre
d' opérati o ns de l'ordre de n-' s in est la
longue ur de la ph rase.
Notons ici q ue les langages pe rmette nt
de structurer les tex tes de faço n logique mais égale me nt spati ale dans le
cas des macro molécul es : à une corresponda nce ent re symbo les corres po nd
vra ime nt une prox imité ph ys ique et/o u
une interacti o n chimique. A u bo ut du
co mpte , un langage est po rte ur de se ns
et savoir le décrire do nne des indi cati ons préc ieuses po ur compre ndre les
phéno mè nes à l'œ uvre.
Les langages de prog ra mmati o n e t la
desc ripti o n des pages We b reposent
sur ce type de g ra mmaire, mais est-ce
suffisant pour la bio log ie ? La ré po nse
est cla ire me nt no n. Les a ppari e me nts
qu'accepte nt les grammaires ho rs
con tex te doive nt être nécessa ire me nt
emboîtés (par exem pl e s i j ' o uvre un e
parenthèse [vo ire ic i une de uxième],
je sui s ob li gé de mettre le croche t fe rmant ava nt la pare nthèse fe rmante). Or
si o n considè re des structures d ' ARN
co mpo rtant des pseudo- nœuds comme
da ns les té lomérases , o u des proté ines
compo rtant plu sie urs ac ides aminés
POU R ALLE R PLUS LO I N . . .
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pe uve nt être dans un o rdre que lconque
par ra ppo rt à l' o rdre dans la phrase. Il
fa ut e ncore augme nte r la co mplexité
des langages e t des grammaires nécessaires. Les langages contextuels sont
e ngendrés par des grammaires é te nd ues o ù le sy mbo le no n te rminal de
gauc he e t la pa rtie d ro ite de la règle
pe ut être e ncadrée d ' a uta nt de symbo les que nécessaire ( il a un contexte
d ' appli cati o n) du mo me nt qu ' o n les
re trou ve à dro ite . Les lang ues nature lles comme les langages mo léculaires du vivant se ra ngent dans cette
catégori e, sans ex iger cepe ndant to ute
la pui ssance offe rte pa r les gramma ires
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leurs phrases reste un pass io nnant défi
de reche rche.
J .N., C.B. et F.C.
Détail des
répétitions (1111it)
d'un CRISPR, sa
structure emboîtée,
et les segments
viraux (spacer) .
La structure en
tige-boucle des
répétitions du
CRISPR précédent.
(Source : Auteur
(J.Nicolas), base
de données http://
crispi.genouesl.org/)
• The lang11age of ge 11es, Dav id Searl s. no v. 2002. Nature 420 2 11 -2 17 Ve rsio n accessible sur
ft p://ftp.c is. u pe n n .ed u/pub/cse 140/pu bl ic_html /2002/Searls. pd f
• La gra111111aire de la vie. Anto ine Da nc hin , 2009.
• htt p://www .no rmalesup.org/-adanc h in /causeri es/ grammaire. html
• Langagesfon11els. calrnlabilité et complexité. Oli vier Carto n, Pari s. Vuibe rt, co ll. « Capes-agrég » ,
oct. 2008. Version access ible sur http ://www.no rrn alesup.org/- bi sson/tea/lfcc.pdf
Hors-série n°52. L'informatique Tcingent:e