ACTIONS
par J. Nicolas, C. Belleannée et F. Coste
le langage des molécules
du uiuant
Les textes du génome des êtres vivants affluent. Il ne reste
plus qu'un détail : en comprendre le sens ! Les outils informatiques doivent aller plus loin que la reconstitution des mots :
comprendre comment leur assemblage sera interprété par les
machines quijouent un rôle prédominant dans les cellules vivantes.
Les auteurs
sont chercheurs
à IRISA / INRIA
Centre de Rennes
Bretagne Atlantique.
Voyage
au cœur
des cellules.
D
epui s une quinzaine d 'années,
la bio logie di spose de moyens
d 'observatio n sans précédent
pour accéder au ni veau moléculai re
le plus intime à l'ensemble des
informations présentes dans une cellule.
La question centrale de la biolog ie
est de passer de cette info rmation
de bas ni veau à la compréhension
des fo nctio ns essentielles du vivant :
la
reproduction,
I 'autoréparation,
l'organi sation en structures emboîtées
à l'aide de membranes isolant les
systèmes cruciaux, et enfi n l'évolution
et l'adaptation au milieu de vie qui
permettent aux organi smes d 'affronter
des conditions d 'environnement très
variées.
les données génomiques :
non, HRn et protéines
M ais de que lles informations disposet-on exacte ment ?
Tc:ingente Hors-série n°52. L'informatique
Le
déferlement
des
do nnées
génomiques concerne non seulement
le code des chro mosomes humains
- obtenu en 2003 - , mais également
celui
d' un
nombre
croissant
d 'organi smes, des plus petits, les viru s
et les bactéries, aux plu s gros comme
l' éléphant afri cai n. À la base, il y a
donc la cellule, la brique de base de
tout organisme vivant, et au cœur de la
cellule, ces longues mo lécules d 'ADN
qui forment les génomes et qui recèlent
toutes les données nécessaires à la
maintenance et à la reproduction de ces
cellules.
En termes mathématiques, un génome
pe ut être vu de manière simpli fiée
comme une (grande) séquence écrite
sur un a lphabet à quatre lettres, les
bases a, c, g et t. C'est un peu plus
compliqué, la séquence est orientée
(le texte a un sens de lecture) et c 'est
un agent double : I 'A DN a deux brins
enl acés, qui sont codés de manière
par J. Nicolas, C. Belleannée et F. Coste
le langage des molécules
du uiuant
Les textes du génome des êtres vivants affluent. Il ne reste
plus qu'un détail : en comprendre le sens ! Les outils informatiques doivent aller plus loin que la reconstitution des mots :
comprendre comment leur assemblage sera interprété par les
machines quijouent un rôle prédominant dans les cellules vivantes.
Les auteurs
sont chercheurs
à IRISA / INRIA
Centre de Rennes
Bretagne Atlantique.
Voyage
au cœur
des cellules.
D
epui s une quinzaine d 'années,
la bio logie di spose de moyens
d 'observatio n sans précédent
pour accéder au ni veau moléculai re
le plus intime à l'ensemble des
informations présentes dans une cellule.
La question centrale de la biolog ie
est de passer de cette info rmation
de bas ni veau à la compréhension
des fo nctio ns essentielles du vivant :
la
reproduction,
I 'autoréparation,
l'organi sation en structures emboîtées
à l'aide de membranes isolant les
systèmes cruciaux, et enfi n l'évolution
et l'adaptation au milieu de vie qui
permettent aux organi smes d 'affronter
des conditions d 'environnement très
variées.
les données génomiques :
non, HRn et protéines
M ais de que lles informations disposet-on exacte ment ?
Tc:ingente Hors-série n°52. L'informatique
Le
déferlement
des
do nnées
génomiques concerne non seulement
le code des chro mosomes humains
- obtenu en 2003 - , mais également
celui
d' un
nombre
croissant
d 'organi smes, des plus petits, les viru s
et les bactéries, aux plu s gros comme
l' éléphant afri cai n. À la base, il y a
donc la cellule, la brique de base de
tout organisme vivant, et au cœur de la
cellule, ces longues mo lécules d 'ADN
qui forment les génomes et qui recèlent
toutes les données nécessaires à la
maintenance et à la reproduction de ces
cellules.
En termes mathématiques, un génome
pe ut être vu de manière simpli fiée
comme une (grande) séquence écrite
sur un a lphabet à quatre lettres, les
bases a, c, g et t. C'est un peu plus
compliqué, la séquence est orientée
(le texte a un sens de lecture) et c 'est
un agent double : I 'A DN a deux brins
enl acés, qui sont codés de manière