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Les biomarqueurs moléculaires en oncologie
sont présentes dans le génome humain. Elles ne codent pour aucune
protéine et leur rôle est inconnu. Elles dériveraient d’un gène codant
pour l’ARN de la Signal recognition particle dont les transcrits se seraient
e
réinsérés dans le génome ;
– les séquences LINE (Long interspersed elements), contenant 5 à
7 000 nucléotides. Elles dériveraient de certains transcrits de l’ADN
polymérase II ou d’une rétrotanscriptase qui se seraient réinsérés dans le
génome. Il en existe environ 500 000 dans le génome humain, souvent
incomplètes. Leur insertion dans la séquence d’un gène peut inactiver
ce gène.
Éléments transposables
Les séquences SINE et LINE sont des séquences mobiles susceptibles de se
déplacer de manière aléatoire d’un site chromosomique à l’autre ; ces séquences
codent précisément pour les enzymes capables de réaliser leur transposition,
soit directement (transposons), soit après rétrotranscription (rétrotransposons)
[4]. Dans les cellules normales, ces gènes ne sont pas exprimés en raison d’une
méthylation importante de leurs promoteurs.
Principales altérations du génome
Un certain nombre de maladies, dont font partie les cancers, sont liées à
des altérations du génome. Il faut en premier lieu distinguer les altérations
survenant dans la lignée germinale, qui concernent l’ensemble des cellules d’un
individu : elles correspondent aux maladies héréditaires du métabolisme ; et
les altérations survenant dans une lignée somatique donnée, qui seront à l’origine d’un cancer. Certains cancers procèdent d’ailleurs de la conjonction d’une
altération germinale, qui entraîne une prédisposition à un cancer, et d’une altération somatique, qui aboutit au cancer dans l’organe où elle survient. Il faut
distinguer également les altérations mineures, ne portant que sur un nucléotide
et qui ne sont objectivables que par séquençage ; et les altérations entraînant
des réarrangements majeurs (translocations intra- ou inter-chromosomiques)
pouvant parfois être décelés par cytogénétique [5]. Enfin, une distinction doit
également être faite entre les variations pathologiques, accompagnant les maladies héréditaires ou les cancers, et les variations communes, rencontrées tout
au long du génome, qui sont responsables de l’extrême diversité de l’espèce
humaine : ce sont les polymorphismes génétiques [6].
Altérations ponctuelles : mutations et polymorphismes
Des erreurs survenant au cours de la réplication ou induites par des
agents mutagènes peuvent conduire au remplacement d’un nucléotide par
un autre (mutation par substitution), à la perte d’un nucléotide (délétion) ou
Les biomarqueurs moléculaires en oncologie
sont présentes dans le génome humain. Elles ne codent pour aucune
protéine et leur rôle est inconnu. Elles dériveraient d’un gène codant
pour l’ARN de la Signal recognition particle dont les transcrits se seraient
e
réinsérés dans le génome ;
– les séquences LINE (Long interspersed elements), contenant 5 à
7 000 nucléotides. Elles dériveraient de certains transcrits de l’ADN
polymérase II ou d’une rétrotanscriptase qui se seraient réinsérés dans le
génome. Il en existe environ 500 000 dans le génome humain, souvent
incomplètes. Leur insertion dans la séquence d’un gène peut inactiver
ce gène.
Éléments transposables
Les séquences SINE et LINE sont des séquences mobiles susceptibles de se
déplacer de manière aléatoire d’un site chromosomique à l’autre ; ces séquences
codent précisément pour les enzymes capables de réaliser leur transposition,
soit directement (transposons), soit après rétrotranscription (rétrotransposons)
[4]. Dans les cellules normales, ces gènes ne sont pas exprimés en raison d’une
méthylation importante de leurs promoteurs.
Principales altérations du génome
Un certain nombre de maladies, dont font partie les cancers, sont liées à
des altérations du génome. Il faut en premier lieu distinguer les altérations
survenant dans la lignée germinale, qui concernent l’ensemble des cellules d’un
individu : elles correspondent aux maladies héréditaires du métabolisme ; et
les altérations survenant dans une lignée somatique donnée, qui seront à l’origine d’un cancer. Certains cancers procèdent d’ailleurs de la conjonction d’une
altération germinale, qui entraîne une prédisposition à un cancer, et d’une altération somatique, qui aboutit au cancer dans l’organe où elle survient. Il faut
distinguer également les altérations mineures, ne portant que sur un nucléotide
et qui ne sont objectivables que par séquençage ; et les altérations entraînant
des réarrangements majeurs (translocations intra- ou inter-chromosomiques)
pouvant parfois être décelés par cytogénétique [5]. Enfin, une distinction doit
également être faite entre les variations pathologiques, accompagnant les maladies héréditaires ou les cancers, et les variations communes, rencontrées tout
au long du génome, qui sont responsables de l’extrême diversité de l’espèce
humaine : ce sont les polymorphismes génétiques [6].
Altérations ponctuelles : mutations et polymorphismes
Des erreurs survenant au cours de la réplication ou induites par des
agents mutagènes peuvent conduire au remplacement d’un nucléotide par
un autre (mutation par substitution), à la perte d’un nucléotide (délétion) ou