3.2 A Counter Intuitive Trend Arose from Quantum Nature . . . . . .
86
3.3 Possible Experimental Observables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
87
4
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
88
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
89
Ab-Initio and DFT Study of the Muchimangin-B Molecule . . . . . . . . .
91
Liliana Mammino, Mireille K. Bilonda and Tendamudzimu Tshiwawa
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
92
2
Computational Details. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
92
3
Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
95
3.1 Results in Vacuo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
95
3.2 Results in Solution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
3.3 Adducts with Explicit Water Molecules. . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
4
Discussion and Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Molecular Dynamics Analysis of FAAH Complexed
with Anandamide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Sérgio F. Sousa, João T.S. Coimbra, Pedro A. Fernandes,
Tiziana Marino, Maria J. Ramos and Nino Russo
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
2
Methodology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
3
Results and Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
3.1 Root Mean Square Deviation (RMSD) Analysis . . . . . . . . . . . . 119
3.2 Root Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis . . . . . . . . . . . 119
3.3 SASA Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
4
Conclusions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Part III Molecular Dynamics
Intense Field Molecular Photodissociation: The Adiabatic Views . . . . . 135
R. Lefebvre
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
2
The Time-Dependent Wave-Equation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
3
The Instantaneous Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
4
The Quasi-Adiabatic Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
5
The Solution of the Time-Dependent Schrödinger Equation . . . . . . . . 144
6
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Contents
xiii
86
3.3 Possible Experimental Observables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
87
4
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
88
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
89
Ab-Initio and DFT Study of the Muchimangin-B Molecule . . . . . . . . .
91
Liliana Mammino, Mireille K. Bilonda and Tendamudzimu Tshiwawa
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
92
2
Computational Details. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
92
3
Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
95
3.1 Results in Vacuo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
95
3.2 Results in Solution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
3.3 Adducts with Explicit Water Molecules. . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
4
Discussion and Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Molecular Dynamics Analysis of FAAH Complexed
with Anandamide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Sérgio F. Sousa, João T.S. Coimbra, Pedro A. Fernandes,
Tiziana Marino, Maria J. Ramos and Nino Russo
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
2
Methodology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
3
Results and Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
3.1 Root Mean Square Deviation (RMSD) Analysis . . . . . . . . . . . . 119
3.2 Root Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis . . . . . . . . . . . 119
3.3 SASA Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
4
Conclusions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Part III Molecular Dynamics
Intense Field Molecular Photodissociation: The Adiabatic Views . . . . . 135
R. Lefebvre
1
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
2
The Time-Dependent Wave-Equation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
3
The Instantaneous Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
4
The Quasi-Adiabatic Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
5
The Solution of the Time-Dependent Schrödinger Equation . . . . . . . . 144
6
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Contents
xiii