4 Semantic Technology for Simulations and Molecular ParticleBased Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
4.1 Brief Overview of Ontologies for Modelling and Simulation . . . . . 55
4.1.1 Examples of Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
4.2 Other Relevant Assets and Approaches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
4.3 Software Capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
4.4 Variables and Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
4.4.1 Simulation Variables vs Physical Properties . . . . . . . . . . . 67
4.5 EngMeta and VIMMP Ontologies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
4.6 Closing Thoughts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5 Applications of the Metadata Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
5.1 Representing Scenarios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
5.2 Top-Level Ontology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
5.3 Ontology Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
5.4 VIMMP-EMMO Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
5.5 Documentation of Molecular Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
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