Role of Biofilms in Contaminant
Bioaccumulation and Trophic Transfer
in Aquatic Ecosystems: Current State
of Knowledge and Future Challenges
Chloé Bonnineau , Joan Artigas, Betty Chaumet, Aymeric Dabrin,
Juliette Faburé, Benoît J. D. Ferrari, Jérémie D. Lebrun,
Christelle Margoum, Nicolas Mazzella, Cécile Miège, Soizic Morin,
Emmanuelle Uher, Marc Babut, and Stéphane Pesce
Contents
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
2 Analytical Methods for Quantification of Contaminants in Microbial Biofilms . . . . . . . . . . . 121
2.1 Metals . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . 121
2.2 Organic Contaminants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
Electronic supplementary material The online version of this chapter (https://doi.org/10.1007/
398_2019_39) contains supplementary material, which is available to authorized users.
C. Bonnineau (*) · A. Dabrin · C. Margoum · C. Miège · M. Babut · S. Pesce
INRAE, UR RiverLy, Villeurbanne, France
e-mail: chloe.bonnineau@inrae.fr; aymeric.dabrin@inrae.fr; christelle.margoum@inrae.fr;
cecile.miege@inrae.fr; marc.babut@inrae.fr; stephane.pesce@inrae.fr
J. Artigas
Université Clermont Auvergne, CNRS, Laboratoire Microorganismes: Génome et
Environnement (LMGE), Clermont-Ferrand, France
e-mail: joan.artigas_alejo@uca.fr
B. Chaumet · N. Mazzella · S. Morin
INRAE, UR EABX, Cestas, France
e-mail: nicolas.mazzella@inrae.fr; soizic.morin@inrae.fr
J. Faburé
Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR ECOSYS, Versailles, France
e-mail: juliette.fabure@agroparistech.fr
B. J. D. Ferrari
Ecotox Centre, Lausanne, Switzerland
e-mail: benoit.ferrari@centreecotox.ch
J. D. Lebrun · E. Uher
INRAE, UR HYCAR, Artemhys, Centre d’Antony, Antony, France
e-mail: jeremie.lebrun@inrae.fr; emmanuelle.uher@upmc.fr
© Springer Nature Switzerland AG 2020
P. de Voogt (ed.), Reviews of Environmental Contamination and Toxicology,
Volume 253, Reviews of Environmental Contamination and Toxicology Volume 253,
https://doi.org/10.1007/398_2019_39
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Bioaccumulation and Trophic Transfer
in Aquatic Ecosystems: Current State
of Knowledge and Future Challenges
Chloé Bonnineau , Joan Artigas, Betty Chaumet, Aymeric Dabrin,
Juliette Faburé, Benoît J. D. Ferrari, Jérémie D. Lebrun,
Christelle Margoum, Nicolas Mazzella, Cécile Miège, Soizic Morin,
Emmanuelle Uher, Marc Babut, and Stéphane Pesce
Contents
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
2 Analytical Methods for Quantification of Contaminants in Microbial Biofilms . . . . . . . . . . . 121
2.1 Metals . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . 121
2.2 Organic Contaminants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
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C. Bonnineau (*) · A. Dabrin · C. Margoum · C. Miège · M. Babut · S. Pesce
INRAE, UR RiverLy, Villeurbanne, France
e-mail: chloe.bonnineau@inrae.fr; aymeric.dabrin@inrae.fr; christelle.margoum@inrae.fr;
cecile.miege@inrae.fr; marc.babut@inrae.fr; stephane.pesce@inrae.fr
J. Artigas
Université Clermont Auvergne, CNRS, Laboratoire Microorganismes: Génome et
Environnement (LMGE), Clermont-Ferrand, France
e-mail: joan.artigas_alejo@uca.fr
B. Chaumet · N. Mazzella · S. Morin
INRAE, UR EABX, Cestas, France
e-mail: nicolas.mazzella@inrae.fr; soizic.morin@inrae.fr
J. Faburé
Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR ECOSYS, Versailles, France
e-mail: juliette.fabure@agroparistech.fr
B. J. D. Ferrari
Ecotox Centre, Lausanne, Switzerland
e-mail: benoit.ferrari@centreecotox.ch
J. D. Lebrun · E. Uher
INRAE, UR HYCAR, Artemhys, Centre d’Antony, Antony, France
e-mail: jeremie.lebrun@inrae.fr; emmanuelle.uher@upmc.fr
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P. de Voogt (ed.), Reviews of Environmental Contamination and Toxicology,
Volume 253, Reviews of Environmental Contamination and Toxicology Volume 253,
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