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Transfert aux micro-organismes
Virginie Chapon, David Pignol, Catherine Berthomieu,
Laureline Février
© L a v o is ie r —
La
p h o to c o p ie non
a u to ris é e e s t un
d é lit
Introduction
Les micro-organismes sont présents dans les sols et les eaux, où ils jouent un
rôle clé dans la décomposition des matières organiques végétales, participant
ainsi au cycle du carbone et de l’azote, mais aussi dans le cycle biogéochimique
de certains métaux ou éléments traces comme le sélénium et l’iode. Ces microorganismes sont présents jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur et dans
des milieux extrêmes comme les déserts arides, les glaces polaires, les sources
chaudes, et les environnements fortement pollués par les activités humaines.
Le développement d’approches moléculaires a permis, ces dix dernières
années, d’accroître considérablement nos connaissances de la biodiversité bactérienne. A l’heure actuelle, plus de 815 000 séquences de gènes d’ARN ribosomaux
16S sont répertoriées et environ 45 000 espèces cultivables sont recensées. Les
bactéries constituent donc un réservoir énorme de diversité avec une impressionnante étendue d’habitats colonisés, grâce à des métabolismes énergétiques très
variés et une large palette de processus biochimiques et moléculaires.
La variété des métabolismes énergétiques dépend des processus respiratoires et
des sources de carbone et d’azote. Certains micro-organismes utilisent des substrats
carbonés organiques plus ou moins complexes comme source de carbone (hétérotrophes) tandis que d’autres utilisent le CO2 ou le méthane. Les organismes capables d’utiliser des sources de carbone inorganiques sont appelés autotrophes. De
nombreux micro-organismes sont capables d’utiliser des sources d’azote inorganiques comme l’ammoniac, le nitrate ou l’azote gaz (N2) ainsi que du soufre, d’origine
inorganique en général, sous forme de sulfate (SO^“) ou de sulfure (S2-).
Transfert aux micro-organismes
Virginie Chapon, David Pignol, Catherine Berthomieu,
Laureline Février
© L a v o is ie r —
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d é lit
Introduction
Les micro-organismes sont présents dans les sols et les eaux, où ils jouent un
rôle clé dans la décomposition des matières organiques végétales, participant
ainsi au cycle du carbone et de l’azote, mais aussi dans le cycle biogéochimique
de certains métaux ou éléments traces comme le sélénium et l’iode. Ces microorganismes sont présents jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur et dans
des milieux extrêmes comme les déserts arides, les glaces polaires, les sources
chaudes, et les environnements fortement pollués par les activités humaines.
Le développement d’approches moléculaires a permis, ces dix dernières
années, d’accroître considérablement nos connaissances de la biodiversité bactérienne. A l’heure actuelle, plus de 815 000 séquences de gènes d’ARN ribosomaux
16S sont répertoriées et environ 45 000 espèces cultivables sont recensées. Les
bactéries constituent donc un réservoir énorme de diversité avec une impressionnante étendue d’habitats colonisés, grâce à des métabolismes énergétiques très
variés et une large palette de processus biochimiques et moléculaires.
La variété des métabolismes énergétiques dépend des processus respiratoires et
des sources de carbone et d’azote. Certains micro-organismes utilisent des substrats
carbonés organiques plus ou moins complexes comme source de carbone (hétérotrophes) tandis que d’autres utilisent le CO2 ou le méthane. Les organismes capables d’utiliser des sources de carbone inorganiques sont appelés autotrophes. De
nombreux micro-organismes sont capables d’utiliser des sources d’azote inorganiques comme l’ammoniac, le nitrate ou l’azote gaz (N2) ainsi que du soufre, d’origine
inorganique en général, sous forme de sulfate (SO^“) ou de sulfure (S2-).