XXII
Microbiologie pratique pour le laboratoire d’analyses ou de contrôle sanitaire
L'histoire de la classification des bactéries est longue, complexe et a beaucoup
évolué depuis les classifications de Cohn en 1872, de Lehmann et Neumann en
1896 et de Migula en 1902, fondées sur les seuls caractères morphologiques.
► Classification phénétique
Outre les critères morphologiques, les critères physiologiques, de pathogénicité, de lysotypie... des souches bactériennes seront ensuite pris en considération
pour classer les bactéries : c’est jusqu'au début des années 1960, la classification
phénétique (ou phénotypique).
► Taxonomie numérique
Une autre approche de la taxonomie, dite numérique, s’est développée grâce
aux travaux de Sneath en 1957. alors que l'idée même de cette méthode de classification avait été proposée par le botaniste français Adanson en 1763. Elle utilise un très grand nombre de caractères morphologiques, physiologiques et
biochimiques..., tous d’égale importance, pour chaque souche bactérienne alors
que dans la classification phénotypique, seuls certains caractères bien choisis
sont utilisés.
Tous ces caractères sont traduits mathématiquement pour calculer des valeurs
de similitude entre les souches et pour former des groupes de similitude. Ces
méthodes ont progressé grâce aux travaux de Sokal et Sneath en 1963 et 1973 et
elles ont été appliquées aux bactéries par de nombreux microbiologistes dans les
années 1970 (Delarras. 1981).
► Classification phylogénétique (ou classification phylogénique)
Au début de ce XXIe siècle, une nouvelle classification bactérienne se
développe : la classification phylogénétique ou phylogénique (Larpent, 2000 ;
Bergey's Manual, 2001-2003). Elle est fondée sur les phylums (cf. annexe générale 1 « Lexique de microbiologie ») qui sont construits par comparaison du
matériel génétique et des produits des gènes, et en particulier par séquençage de
l'ARN ribosomique 16 S ou de l'ARNr 5S.
Historiquement. Kluyver et Van Niel avaient proposé l’utilisation d’une taxonomie phylogénétique dès 1936. Mais il a fallu attendre le début du développement de la biologie moléculaire, dans les années 1950 à 1980, pour que celle-ci
prenne de l'essor : détermination de la composition de l’ADN des bactéries par
la recherche de leur GC % (Marmur, 1961), hybridation d’acides nucléiques
ARN-ADN grace aux travaux préliminaires de Marmur et al. en 1961, étude des
ARNr (ARN ribosomaux) dans les années 1980...
La nouvelle classification présentée dans la deuxième édition du Bergey s
Manual of Systematic Bacteriology (2001 -2003) est une classification phylogénétique (cf. infra, paragraphe ci-dessous et annexe générale 3).
► ( lassification de Bergey
La classification adoptée par la majorité des microbiologistes a été celle de
Bergey, dont la première édition, intitulée Bergey's Manual of Determinative
Microbiologie pratique pour le laboratoire d’analyses ou de contrôle sanitaire
L'histoire de la classification des bactéries est longue, complexe et a beaucoup
évolué depuis les classifications de Cohn en 1872, de Lehmann et Neumann en
1896 et de Migula en 1902, fondées sur les seuls caractères morphologiques.
► Classification phénétique
Outre les critères morphologiques, les critères physiologiques, de pathogénicité, de lysotypie... des souches bactériennes seront ensuite pris en considération
pour classer les bactéries : c’est jusqu'au début des années 1960, la classification
phénétique (ou phénotypique).
► Taxonomie numérique
Une autre approche de la taxonomie, dite numérique, s’est développée grâce
aux travaux de Sneath en 1957. alors que l'idée même de cette méthode de classification avait été proposée par le botaniste français Adanson en 1763. Elle utilise un très grand nombre de caractères morphologiques, physiologiques et
biochimiques..., tous d’égale importance, pour chaque souche bactérienne alors
que dans la classification phénotypique, seuls certains caractères bien choisis
sont utilisés.
Tous ces caractères sont traduits mathématiquement pour calculer des valeurs
de similitude entre les souches et pour former des groupes de similitude. Ces
méthodes ont progressé grâce aux travaux de Sokal et Sneath en 1963 et 1973 et
elles ont été appliquées aux bactéries par de nombreux microbiologistes dans les
années 1970 (Delarras. 1981).
► Classification phylogénétique (ou classification phylogénique)
Au début de ce XXIe siècle, une nouvelle classification bactérienne se
développe : la classification phylogénétique ou phylogénique (Larpent, 2000 ;
Bergey's Manual, 2001-2003). Elle est fondée sur les phylums (cf. annexe générale 1 « Lexique de microbiologie ») qui sont construits par comparaison du
matériel génétique et des produits des gènes, et en particulier par séquençage de
l'ARN ribosomique 16 S ou de l'ARNr 5S.
Historiquement. Kluyver et Van Niel avaient proposé l’utilisation d’une taxonomie phylogénétique dès 1936. Mais il a fallu attendre le début du développement de la biologie moléculaire, dans les années 1950 à 1980, pour que celle-ci
prenne de l'essor : détermination de la composition de l’ADN des bactéries par
la recherche de leur GC % (Marmur, 1961), hybridation d’acides nucléiques
ARN-ADN grace aux travaux préliminaires de Marmur et al. en 1961, étude des
ARNr (ARN ribosomaux) dans les années 1980...
La nouvelle classification présentée dans la deuxième édition du Bergey s
Manual of Systematic Bacteriology (2001 -2003) est une classification phylogénétique (cf. infra, paragraphe ci-dessous et annexe générale 3).
► ( lassification de Bergey
La classification adoptée par la majorité des microbiologistes a été celle de
Bergey, dont la première édition, intitulée Bergey's Manual of Determinative