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Microbiologie pratique pour le laboratoire d’analyses ou de contrôle sanitaire
• Classe : Gamniaproteobacteria.
• Ordre des Pseudomonadales.
• Familles : Pseudomonadaceae...
• Dix genres dans cette famille dont le genre Pseudomonas.
• Plus de 90 espèces dans le seul genre Pseudomonas sensus stricto, dont
Pseudomonas aeruginosa ; un certain nombre d’espèces ont été reclassées dans
de nouveaux genres (cf. infra, tableau 111).
2.3.
Espèces de Pseudomonas et ex-Pseudomonas
Les Pseudomonas ont tout d’abord été classés dans cinq groupes génomiques
ARN 1 à V, qui deviennent les cinq groupes génomiques des ex-Pseudomonas ou
apparentés dans la classification phylogénique, puisque certains genres ont changé
de dénomination et ont été reclassés dans d’autres groupes génomiques ARN (Larpent et Larpent-Gourgaud, 1997 ; Larpent, 2000 ; bioMérieux® SA, 2004).
Les espèces de Pseudomonas et e.x-Pseudomonas les plus connues de ces
cinq groupes génomiques sont présentées dans le tableau 111. L’espèce Pseudomonas pauciniobilis, reclassée dans la classification phylogénique, devient
Sphingomonas pauciniobilis (cf. annexe générale 3 « Classification phylogénique des bactéries », tableaux 139A et 139B).
Tableau 111 ■ Groupes génomiques ARN des Pseudomonas et apparentés.
Groupes génomiques
des Pseudomonas
et apparentés
Caractéristiques - Espèces1 -
Appellations actuelles
Groupe 1:15 espèces
(actuellement plus de 90
espèces dans le genre
Pseudomonas)
Espèces fluorescentes, oxydase+ :
Ps. aeruginosa, Ps. fluorescens, Ps. putida, Ps. chlororaphis (exfs. aurefaciens)
Espèces fluorescentes, oxydase- :
Ps. syringae (subdivisé en plusieurs groupes), Ps. viridiflava
Espèces fluorescentes
Espèces non fluorescentes :
Ps. alcaligenes, Ps. mendocina. Ps. stutzeri...
Groupe II : 8 espèces
Ps. cepacia. Ps. mallei. Ps. pseudomallei.. .deviennent des
Burkholderia (sauf une espèce) dans la famille des
Burkholderiaceae2
Groupe III : 12 espèces
Devient la famille des Comamonadaceae, avec le genre
Comamonas :
Ps. acidovorans, Ps. testosteroni...
Groupe IV : 2 espèces
Ps. diminuta, Ps. vesicularis devient le genre Brevundimonas
Groupe V : 1 espèce
Ps. maltophilia devient Stenotrophomonas maltophilia puis
Xanthomonas maltophilia
I l CS espèces notées en gras du genre Pseudomonas (avec leurs nouveaux noms éventuels) sont toutes identifiables sur les galenes ID 32 GN et API* 20 NE et bioMérieux* SA
2. 23 espèces dans cette famille.
Microbiologie pratique pour le laboratoire d’analyses ou de contrôle sanitaire
• Classe : Gamniaproteobacteria.
• Ordre des Pseudomonadales.
• Familles : Pseudomonadaceae...
• Dix genres dans cette famille dont le genre Pseudomonas.
• Plus de 90 espèces dans le seul genre Pseudomonas sensus stricto, dont
Pseudomonas aeruginosa ; un certain nombre d’espèces ont été reclassées dans
de nouveaux genres (cf. infra, tableau 111).
2.3.
Espèces de Pseudomonas et ex-Pseudomonas
Les Pseudomonas ont tout d’abord été classés dans cinq groupes génomiques
ARN 1 à V, qui deviennent les cinq groupes génomiques des ex-Pseudomonas ou
apparentés dans la classification phylogénique, puisque certains genres ont changé
de dénomination et ont été reclassés dans d’autres groupes génomiques ARN (Larpent et Larpent-Gourgaud, 1997 ; Larpent, 2000 ; bioMérieux® SA, 2004).
Les espèces de Pseudomonas et e.x-Pseudomonas les plus connues de ces
cinq groupes génomiques sont présentées dans le tableau 111. L’espèce Pseudomonas pauciniobilis, reclassée dans la classification phylogénique, devient
Sphingomonas pauciniobilis (cf. annexe générale 3 « Classification phylogénique des bactéries », tableaux 139A et 139B).
Tableau 111 ■ Groupes génomiques ARN des Pseudomonas et apparentés.
Groupes génomiques
des Pseudomonas
et apparentés
Caractéristiques - Espèces1 -
Appellations actuelles
Groupe 1:15 espèces
(actuellement plus de 90
espèces dans le genre
Pseudomonas)
Espèces fluorescentes, oxydase+ :
Ps. aeruginosa, Ps. fluorescens, Ps. putida, Ps. chlororaphis (exfs. aurefaciens)
Espèces fluorescentes, oxydase- :
Ps. syringae (subdivisé en plusieurs groupes), Ps. viridiflava
Espèces fluorescentes
Espèces non fluorescentes :
Ps. alcaligenes, Ps. mendocina. Ps. stutzeri...
Groupe II : 8 espèces
Ps. cepacia. Ps. mallei. Ps. pseudomallei.. .deviennent des
Burkholderia (sauf une espèce) dans la famille des
Burkholderiaceae2
Groupe III : 12 espèces
Devient la famille des Comamonadaceae, avec le genre
Comamonas :
Ps. acidovorans, Ps. testosteroni...
Groupe IV : 2 espèces
Ps. diminuta, Ps. vesicularis devient le genre Brevundimonas
Groupe V : 1 espèce
Ps. maltophilia devient Stenotrophomonas maltophilia puis
Xanthomonas maltophilia
I l CS espèces notées en gras du genre Pseudomonas (avec leurs nouveaux noms éventuels) sont toutes identifiables sur les galenes ID 32 GN et API* 20 NE et bioMérieux* SA
2. 23 espèces dans cette famille.