Avant-propos
XXI
Au XXe siècle, la classification des êtres vivants évoluera avec deux
classifications :
- la classification en cinq règnes selon Whittaker et Margulis (1978) ;
- la classification en trois « domaines » de Woese (1990) fondé sur la biologie
moléculaire : cf. infra « Classification phylogénétique ».
La correspondance entre ces deux classifications est présentée dans le tableau 1.
Tableau 1 ■ Les deux classifications des êtres vivants.
Règnes d’après Whittaker
et Margulis (1978)
Organismes
« Domaines »
d’après Woese C R ( 1990)...
Prokaryotae
Archaebactéries ou archéobactéries
Archaea ou archées1
Eubactéries
Cyanobactéries2
Bacteria2 ou bactéries
(à cellule procaryote)
Protoctista
Protozoaires. Protophytes
(euglènes, péridiniens, diatomées)
Algues (vertes, rouges et
brunes)
Eucarya ou eucaryotes
(à cellule eucaryote)
Fungi
Champignons, lichens
Plantae
Plantes
Animalia
Animaux
1 „Ces bactéries constituent le domaine «Archaea » avec deux pbylums dans la classification phylogénique
(Bergey’s Manual, 2004) ; elles ne sont ni des procaryotes, ni des eucaryotes (cf. leurs relations phylogéniques :
Larpent. 2000 ; Pol, 2001 ).
2. Le domaine Bacteria ou Eubacteria (eubactéries) dans la classification phylogénique (Bergey a Manual.
2004) comporte 23 phylums dont le phylum X Cyanobacteria (ex-algues bleu-vert ou Cyanophycées).
La microbiologie est la science qui étudie les protistes ou microbes. Elle comprend la bactériologie, la mycologie, l'algologie...
La bactériologie est la branche de la microbiologie qui s’intéresse spécifiquement aux bactéries. Des eubactéries font principalement l’objet de cet ouvrage,
qui comporte par ailleurs quelques éléments de mycologie, science qui étudie les
champignons (cf. 2e partie, chapitre 7 « Levures et moisissures »).
Les protistes ou microbes se différencient fondamentalement des virus (organismes non cellulaires) dont l'existence avait été révélée par Beijerinck en 1888
lors d'études réalisées sur la mosaïque (maladie) affectant les feuilles de tabac.
En effet, les virus sont des parasites obligatoires de cellules vivantes humaii nés, animales, végétales ou bactériennes. Ils ne possèdent qu'un seul type d'acide
nucléique (ADN ou ARN) et ils ne peuvent vivre et se reproduire que chez leur
, hôte vivant. Leur étude n'entre pas dans le cadre de cet ouvrage.
l
Taxonomie des micro-organismes
La taxonomie ou taxinomie représente l'étude de la diversité des micro-orgas nismes et des relations susceptibles d'exister entre eux et recouvre trois
| domaines : la classification, la nomenclature et l'identification (Larpent. 2(XM)).
XXI
Au XXe siècle, la classification des êtres vivants évoluera avec deux
classifications :
- la classification en cinq règnes selon Whittaker et Margulis (1978) ;
- la classification en trois « domaines » de Woese (1990) fondé sur la biologie
moléculaire : cf. infra « Classification phylogénétique ».
La correspondance entre ces deux classifications est présentée dans le tableau 1.
Tableau 1 ■ Les deux classifications des êtres vivants.
Règnes d’après Whittaker
et Margulis (1978)
Organismes
« Domaines »
d’après Woese C R ( 1990)...
Prokaryotae
Archaebactéries ou archéobactéries
Archaea ou archées1
Eubactéries
Cyanobactéries2
Bacteria2 ou bactéries
(à cellule procaryote)
Protoctista
Protozoaires. Protophytes
(euglènes, péridiniens, diatomées)
Algues (vertes, rouges et
brunes)
Eucarya ou eucaryotes
(à cellule eucaryote)
Fungi
Champignons, lichens
Plantae
Plantes
Animalia
Animaux
1 „Ces bactéries constituent le domaine «Archaea » avec deux pbylums dans la classification phylogénique
(Bergey’s Manual, 2004) ; elles ne sont ni des procaryotes, ni des eucaryotes (cf. leurs relations phylogéniques :
Larpent. 2000 ; Pol, 2001 ).
2. Le domaine Bacteria ou Eubacteria (eubactéries) dans la classification phylogénique (Bergey a Manual.
2004) comporte 23 phylums dont le phylum X Cyanobacteria (ex-algues bleu-vert ou Cyanophycées).
La microbiologie est la science qui étudie les protistes ou microbes. Elle comprend la bactériologie, la mycologie, l'algologie...
La bactériologie est la branche de la microbiologie qui s’intéresse spécifiquement aux bactéries. Des eubactéries font principalement l’objet de cet ouvrage,
qui comporte par ailleurs quelques éléments de mycologie, science qui étudie les
champignons (cf. 2e partie, chapitre 7 « Levures et moisissures »).
Les protistes ou microbes se différencient fondamentalement des virus (organismes non cellulaires) dont l'existence avait été révélée par Beijerinck en 1888
lors d'études réalisées sur la mosaïque (maladie) affectant les feuilles de tabac.
En effet, les virus sont des parasites obligatoires de cellules vivantes humaii nés, animales, végétales ou bactériennes. Ils ne possèdent qu'un seul type d'acide
nucléique (ADN ou ARN) et ils ne peuvent vivre et se reproduire que chez leur
, hôte vivant. Leur étude n'entre pas dans le cadre de cet ouvrage.
l
Taxonomie des micro-organismes
La taxonomie ou taxinomie représente l'étude de la diversité des micro-orgas nismes et des relations susceptibles d'exister entre eux et recouvre trois
| domaines : la classification, la nomenclature et l'identification (Larpent. 2(XM)).