- cinq milieux de Drigalski :
. deux reconstitués avec de l’eau distillée incubés à 37°C ou à 42°C,
. un reconstitué avec de l’eau de mer incubé à 25°C.
Ces trois milieux sont sélectifs des bacilles à gram négatif hétérotrophes. La température
d’incubation permet de différencier les espèces de contamination.
. deux milieux aux antibiotiques (Leclerc et ai, 1977): Ampicilline ou gentamycine
(5 µg/ml) incubés à 37°C sélectionnent des bacilles à gram négatif résistants.
- un milieu TCBS incubé à 42°C pour la recherche des Vibrios,
- un milieu de Chapman (NaCl 70 ‰) incubé à 25°C : dénombrement des germes
halophiles,
- un milieu de Chapman (NaCl 70‰) incubé à 25°C : Dénombrement des germes halophiles,
hyperhalophiles.
Dans les milieux sélectifs des bacilles à gram négatif, la présence de lactose ou de
saccharose permet de différencier les souches lactose ou saccharose positif ou négatif.
Nous obtenons de cette façon 16 numérations.
Le traitement mathématique
La méthode de classification par la vraisemblance des liens propose une représentation
ensembliste ou ordinale des données à caractère mathématique fini. Elle propose un arbre
condensé des classifications construit à partir de sa représentation polonaise (fig. 2) sur
l’ensemble des unités statistiques (unité spatio-temporelle) rassemblées en classes
(Lerman, 1981 et Percheron, 1983).
Les valeurs brutes sont les nombres obtenus lors des numérations sur milieu de culture.
Elles ont tendance à privilégier les fortes valeurs donc les milieux non sélectifs.
La notation ordinale transforme les valeurs brutes obtenues par la numération directe en
une échelle discrétisée de quelques valeurs pour chaque milieu (cf. exemple de numération
préordinale) ayant simplement le sens de codes ordinaux. Chaque note représente un
intervalle de valeurs du paramètre initial. La notation maximale peut différer d’un milieu
à l’autre.
Chaque unité statistique est constituée d’une suite de notes (une note par milieu) représentative de l’état de la flore au point et à l’heure de prélèvement. Cette unité statistique
définit un profil de flore.
Les classes indiquées par une * sur l’arbre (fig. 2) rassemblent les unités statistiques
présentant une similitude significative à ce niveau de synthèse et laissent de côté les unités
statistiques moins bien «classifiables».
A un niveau donné, la cohérence d’une classe est d’autant meilleure que la statistique
locale associée est forte.
Les classifications par tranche horaire ne permettent pas d’établir directement les évolutions temporelles de chaque unité statistique. Cependant, une tentative a été effectuée
pour établir cette évolution en classant les unités statistiques par groupement de tranches
horaires imbriquées :
. basse mer - pleine mer moins deux heures trente
. pleine mer moins deux heures trente - pleine mer moins zéro heure trente
. pleine mer plus une heure - pleine mer plus deux heures trente
. pleine mer plus deux heures trente - pleine mer plus quatre heures.
535
. deux reconstitués avec de l’eau distillée incubés à 37°C ou à 42°C,
. un reconstitué avec de l’eau de mer incubé à 25°C.
Ces trois milieux sont sélectifs des bacilles à gram négatif hétérotrophes. La température
d’incubation permet de différencier les espèces de contamination.
. deux milieux aux antibiotiques (Leclerc et ai, 1977): Ampicilline ou gentamycine
(5 µg/ml) incubés à 37°C sélectionnent des bacilles à gram négatif résistants.
- un milieu TCBS incubé à 42°C pour la recherche des Vibrios,
- un milieu de Chapman (NaCl 70 ‰) incubé à 25°C : dénombrement des germes
halophiles,
- un milieu de Chapman (NaCl 70‰) incubé à 25°C : Dénombrement des germes halophiles,
hyperhalophiles.
Dans les milieux sélectifs des bacilles à gram négatif, la présence de lactose ou de
saccharose permet de différencier les souches lactose ou saccharose positif ou négatif.
Nous obtenons de cette façon 16 numérations.
Le traitement mathématique
La méthode de classification par la vraisemblance des liens propose une représentation
ensembliste ou ordinale des données à caractère mathématique fini. Elle propose un arbre
condensé des classifications construit à partir de sa représentation polonaise (fig. 2) sur
l’ensemble des unités statistiques (unité spatio-temporelle) rassemblées en classes
(Lerman, 1981 et Percheron, 1983).
Les valeurs brutes sont les nombres obtenus lors des numérations sur milieu de culture.
Elles ont tendance à privilégier les fortes valeurs donc les milieux non sélectifs.
La notation ordinale transforme les valeurs brutes obtenues par la numération directe en
une échelle discrétisée de quelques valeurs pour chaque milieu (cf. exemple de numération
préordinale) ayant simplement le sens de codes ordinaux. Chaque note représente un
intervalle de valeurs du paramètre initial. La notation maximale peut différer d’un milieu
à l’autre.
Chaque unité statistique est constituée d’une suite de notes (une note par milieu) représentative de l’état de la flore au point et à l’heure de prélèvement. Cette unité statistique
définit un profil de flore.
Les classes indiquées par une * sur l’arbre (fig. 2) rassemblent les unités statistiques
présentant une similitude significative à ce niveau de synthèse et laissent de côté les unités
statistiques moins bien «classifiables».
A un niveau donné, la cohérence d’une classe est d’autant meilleure que la statistique
locale associée est forte.
Les classifications par tranche horaire ne permettent pas d’établir directement les évolutions temporelles de chaque unité statistique. Cependant, une tentative a été effectuée
pour établir cette évolution en classant les unités statistiques par groupement de tranches
horaires imbriquées :
. basse mer - pleine mer moins deux heures trente
. pleine mer moins deux heures trente - pleine mer moins zéro heure trente
. pleine mer plus une heure - pleine mer plus deux heures trente
. pleine mer plus deux heures trente - pleine mer plus quatre heures.
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