Annexe II
Tableau 3. Etapes de calcul des indices de diversité spécifique sur R
Etape
Fonction
Charger le
package
Require (vegan)
Importation des
données (tab. 2,
annexe II)
Tcont=read.table(file=file.choose(), sep="\t", dec=".", header=T, row.names=1)
Richesse
spécifique
S1 <- specnumber (Tcont [,2])
# Ouest
S2 <- specnumber (Tcont [,3])
# Centre
S3 <- specnumber (Tcont [,4])
# Est
Indice de
Shannon
Ish1 <- diversity (Tcont [,2], index = "shannon", MARGIN = 1, base = 2)
Ish2 <- diversity (Tcont [,3], index = "shannon", MARGIN = 1, base = 2)
Ish3 <- diversity (Tcont [,4], index = "shannon", MARGIN = 1, base = 2)
Equitabilité
J1 <- Ish1/log2(S1)
J2 <- Ish2/log2(S2)
J3 <- Ish3/log2(S3)
Afficher les
résultats
diversité <-data.frame (S1, S2, S3, Ish1, Ish2, Ish3, J1, J2, J3)
diversité
Tableau 4. Table de transformation des pourcentages en probits (Daget, 1979)