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(y) ayant vécu au temps t1. B et C sont appelés groupes-frères (sister-groups) alors que le taxon A
est considéré monophylétique de la combinaison des deux taxons B et C. Ainsi l’analyse cladistique
permet d’émettre des hypothèses relatives à la hiérarchie des groupes et de présenter les résultats
sous forme de diagrammes en branches, les cladogrammes qui expriment l’ensemble des unités
généalogiques ou clades. Selon Hennig (1950, in Kitching et al, 1998) on considère les caractères
plésiomorphiques (proches du morphotype ancestral) et apomorphiques (éloignés du morphotype
original). Les groupes-frères sont déterminés par identification des caractères apomorphiques légués
par les ancêtres communs les plus récents et partagés avec leurs descendants.
La classification phylogénétique utilise comme toutes les autres sciences, une terminologie
particulière (Kitching et al, 1998 ; Lecointre et Le Guyader, 2001) que l’on résume ci-dessous :
- clade : taxon strictement monophylétique, c’est à dire contenant un ancêtre et tous ses
descendants.
- nœud (node) : point de rencontre de trois branches dans un arbre ; un nœud représente une unité
taxonomique. Celle ci peut être une espèce qui existe (taxon) ou qui a existé (ancêtre).
- branche (branch) ou inter-noeud: ligne d’un cladogramme reliant deux nœuds (branche interne),
un nœud et la racine (branche basale) ou un nœud et un taxon terminal (branche terminale). La
branche définit la relation entre les taxons en terme d’ascendance ou de descendance.
- longueur de la branche (branch length): nombre de pas dans cette branche ; elle reflète le nombre
de changements qui ont eu lieu dans cette branche.
- topologie : modèle de ramification.
- échelle des distances : échelle qui représente le nombre de différences entre les séquences
- racine (root) : segment de branche en amont du nœud du rang le plus important (base du clade) ;
on la considère comme un point de référence pour l’interprétation des caractères et représente
l’ancêtre commun de tous les taxons.
Les différentes séquences (ou les différents caractères morphométriques) permettent de trouver des
liens généalogiques entre les organismes. L’ensemble des travaux réalisés montre que des
organismes proches présentent des séquences similaires alors que les organismes distants ont des
séquences différentes.
Les méthodes phylogénétiques sont subdivisées en deux catégories majeures (Lecointre et Le
Guyader, 2001): les méthodes phénétiques les méthodes cladistiques (ou cladistique).
- les méthodes phénétiques : les arbres y sont construits à partir des similarités entre les taxons. Ce
sont des méthodes basées sur les distances individuelles entre les séquences appariées. Les arbres
sont appelés dendrogrammes et ne reflètent pas les relations d’évolution. A partir d’un alignement,
les distances appariées sont calculées entre les différentes séquences de l’ADN en sommant toutes
(y) ayant vécu au temps t1. B et C sont appelés groupes-frères (sister-groups) alors que le taxon A
est considéré monophylétique de la combinaison des deux taxons B et C. Ainsi l’analyse cladistique
permet d’émettre des hypothèses relatives à la hiérarchie des groupes et de présenter les résultats
sous forme de diagrammes en branches, les cladogrammes qui expriment l’ensemble des unités
généalogiques ou clades. Selon Hennig (1950, in Kitching et al, 1998) on considère les caractères
plésiomorphiques (proches du morphotype ancestral) et apomorphiques (éloignés du morphotype
original). Les groupes-frères sont déterminés par identification des caractères apomorphiques légués
par les ancêtres communs les plus récents et partagés avec leurs descendants.
La classification phylogénétique utilise comme toutes les autres sciences, une terminologie
particulière (Kitching et al, 1998 ; Lecointre et Le Guyader, 2001) que l’on résume ci-dessous :
- clade : taxon strictement monophylétique, c’est à dire contenant un ancêtre et tous ses
descendants.
- nœud (node) : point de rencontre de trois branches dans un arbre ; un nœud représente une unité
taxonomique. Celle ci peut être une espèce qui existe (taxon) ou qui a existé (ancêtre).
- branche (branch) ou inter-noeud: ligne d’un cladogramme reliant deux nœuds (branche interne),
un nœud et la racine (branche basale) ou un nœud et un taxon terminal (branche terminale). La
branche définit la relation entre les taxons en terme d’ascendance ou de descendance.
- longueur de la branche (branch length): nombre de pas dans cette branche ; elle reflète le nombre
de changements qui ont eu lieu dans cette branche.
- topologie : modèle de ramification.
- échelle des distances : échelle qui représente le nombre de différences entre les séquences
- racine (root) : segment de branche en amont du nœud du rang le plus important (base du clade) ;
on la considère comme un point de référence pour l’interprétation des caractères et représente
l’ancêtre commun de tous les taxons.
Les différentes séquences (ou les différents caractères morphométriques) permettent de trouver des
liens généalogiques entre les organismes. L’ensemble des travaux réalisés montre que des
organismes proches présentent des séquences similaires alors que les organismes distants ont des
séquences différentes.
Les méthodes phylogénétiques sont subdivisées en deux catégories majeures (Lecointre et Le
Guyader, 2001): les méthodes phénétiques les méthodes cladistiques (ou cladistique).
- les méthodes phénétiques : les arbres y sont construits à partir des similarités entre les taxons. Ce
sont des méthodes basées sur les distances individuelles entre les séquences appariées. Les arbres
sont appelés dendrogrammes et ne reflètent pas les relations d’évolution. A partir d’un alignement,
les distances appariées sont calculées entre les différentes séquences de l’ADN en sommant toutes