- 125 -
Les distances génétiques entre les diverses paires de raies sont comprises entre 0.0033 et 0.5447
(tab. 20).
Tableau 19 - Fréquences des nucléotides des fragments de d-loop de diverses raies
Data Filename: crout
Data Title:Nucleotide Frequencies
Sites Used: All selected
All frequencies are given in percent.
Domain: Data
T(U)
C
A
G
Total
Rmon
40.5 15.4 38.6
5.5
311
Rpol
41.7 15.1 37.8
5.4
312
Rbra1
38.9 17.1 35.8
8.2
293
Rbra2
39.2 16.7 35.8
8.2
293
Rcla1
39.6 17.2 37.6
5.6
303
Rcla2
39.9 16.8 37.6
5.6
303
Rrad
40.6 17.1 36.5
5.7
315
Rast1
38.4 18.2 37.0
6.4
297
Rast2
39.4 17.2 37.0
6.4
297
Rmir
40.6 16.3 37.2
5.9
288
Doxy1
38.9 17.7 36.7
6.7
283
Doxy2
39.2 17.3 36.7
6.7
283
Arad
36.2 18.1 36.5
9.2
315
Sacanthias
33.9 22.3 38.1
5.8
310
Avg.
39.1 17.3 37.1
6.5
300.2
Tableau 20 - Distances génétiques calculées pour 14 haplotypes (CR) atlanto-méditerranéens
[1] #Rmon
[2] #Rpol
[3] #Rbra1
[4] #Rbra2
[5] #Rcla1
[6] #Rcla2
[7] #Rrad
[8] #Rast1
[9] #Rast2
[10] #Rmir
[11] #Doxy1
[12] #Doxy2
[13] #Arad
[14] Sacanthias
[ 1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
0.0229
0.0882 0.1035
0.0882 0.1076 0.0034
0.0776 0.0737 0.0811 0.0851
0.0814 0.0700 0.0851 0.0891 0.0033
0.1005 0.0818 0.1033 0.1073 0.0304 0.0270
0.1199 0.1037 0.1050 0.1092 0.0571 0.0533 0.0641
0.1076 0.0916 0.1009 0.1050 0.0533 0.0496 0.0603 0.0102
0.1151 0.0985 0.1322 0.1366 0.0627 0.0588 0.0818 0.0973 0.0933
0.1507 0.1414 0.1335 0.1379 0.1251 0.1208 0.1156 0.1324 0.1281 0.1494
0.1462 0.1369 0.1291 0.1335 0.1208 0.1164 0.1199 0.1281 0.1237 0.1449 0.0035
0.4959 0.4810 0.5373 0.5447 0.5100 0.5034 0.5119 0.5050 0.4982 0.4731 0.4324 0.4388
0.6072 0.5964 0.6162 0.6080 0.6124 0.6046 0.6096 0.6161 0.6401 0.6143 0.5989 0.5989 0.6943
Les plus grandes distances séparent Amblyraja radiata et toutes les autres raies, alors que les plus
faibles s’observent entre les différents individus de R. clavata, de D. oxyrhincus et entre R.
montagui et R. polystigma. Les arbres construits par les méthodes UPGMA (fig. 34 ), Neighbour
Joining (fig. 35) et Maximum Parsimony (fig. 36) présentent une topologie assez homogène : ils
montrent 3 clusters principaux formés par les genres Dipturus, Raja et Amblyraja.
Les distances génétiques entre les diverses paires de raies sont comprises entre 0.0033 et 0.5447
(tab. 20).
Tableau 19 - Fréquences des nucléotides des fragments de d-loop de diverses raies
Data Filename: crout
Data Title:Nucleotide Frequencies
Sites Used: All selected
All frequencies are given in percent.
Domain: Data
T(U)
C
A
G
Total
Rmon
40.5 15.4 38.6
5.5
311
Rpol
41.7 15.1 37.8
5.4
312
Rbra1
38.9 17.1 35.8
8.2
293
Rbra2
39.2 16.7 35.8
8.2
293
Rcla1
39.6 17.2 37.6
5.6
303
Rcla2
39.9 16.8 37.6
5.6
303
Rrad
40.6 17.1 36.5
5.7
315
Rast1
38.4 18.2 37.0
6.4
297
Rast2
39.4 17.2 37.0
6.4
297
Rmir
40.6 16.3 37.2
5.9
288
Doxy1
38.9 17.7 36.7
6.7
283
Doxy2
39.2 17.3 36.7
6.7
283
Arad
36.2 18.1 36.5
9.2
315
Sacanthias
33.9 22.3 38.1
5.8
310
Avg.
39.1 17.3 37.1
6.5
300.2
Tableau 20 - Distances génétiques calculées pour 14 haplotypes (CR) atlanto-méditerranéens
[1] #Rmon
[2] #Rpol
[3] #Rbra1
[4] #Rbra2
[5] #Rcla1
[6] #Rcla2
[7] #Rrad
[8] #Rast1
[9] #Rast2
[10] #Rmir
[11] #Doxy1
[12] #Doxy2
[13] #Arad
[14] Sacanthias
[ 1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
0.0229
0.0882 0.1035
0.0882 0.1076 0.0034
0.0776 0.0737 0.0811 0.0851
0.0814 0.0700 0.0851 0.0891 0.0033
0.1005 0.0818 0.1033 0.1073 0.0304 0.0270
0.1199 0.1037 0.1050 0.1092 0.0571 0.0533 0.0641
0.1076 0.0916 0.1009 0.1050 0.0533 0.0496 0.0603 0.0102
0.1151 0.0985 0.1322 0.1366 0.0627 0.0588 0.0818 0.0973 0.0933
0.1507 0.1414 0.1335 0.1379 0.1251 0.1208 0.1156 0.1324 0.1281 0.1494
0.1462 0.1369 0.1291 0.1335 0.1208 0.1164 0.1199 0.1281 0.1237 0.1449 0.0035
0.4959 0.4810 0.5373 0.5447 0.5100 0.5034 0.5119 0.5050 0.4982 0.4731 0.4324 0.4388
0.6072 0.5964 0.6162 0.6080 0.6124 0.6046 0.6096 0.6161 0.6401 0.6143 0.5989 0.5989 0.6943
Les plus grandes distances séparent Amblyraja radiata et toutes les autres raies, alors que les plus
faibles s’observent entre les différents individus de R. clavata, de D. oxyrhincus et entre R.
montagui et R. polystigma. Les arbres construits par les méthodes UPGMA (fig. 34 ), Neighbour
Joining (fig. 35) et Maximum Parsimony (fig. 36) présentent une topologie assez homogène : ils
montrent 3 clusters principaux formés par les genres Dipturus, Raja et Amblyraja.