III
2.1.3.1. Requins……..…………………………………….……………………..……………. 56
2.1.3.1. Raies……..……………………………………………….……………..…………….. 56
2.2. Systématique moléculaire…………………………………………….…………………… 57
2.2.1.: Les marqueurs génétiques……………………………………………….……………. 57
2.2.2. Principes des techniques de systématique moléculaire ……………………….…… 60
2.2.3. Analyse du polymorphisme des séquences………………………………………….. 63
2.3. Systématique phylogénétique…………………………………………………………….. 64
3. Ecologie………………………………………………………………………………................. 67
3.1. Traitement des données Thalassa ………………………………………………………... 67
3.1.1. Dépouillement du listing ‘‘Chalex’’………………………………………………….. 67
3.1.2. Calcul des densités, fréquences relatives et abondances relatives………................. 68
3.1.3. Profondeur moyenne et tranches de profondeur……………………………………. 70
3.1.4. Etude du peuplement……………..……………………………………………………. 70
3.1.4.1 Richesse spécifique………………………………………………………................... 70
3.1.4.2. Diversité spécifique et Régularité………………………………………………….. 70
3.1.4.3. Faune associée………….……………………………………………………………. 71
3.2. Traitement des données Ichthys – Joamy………………………………………………... 73
3.3. Traitement des données de la campagne thonière 2001……………………………….. 73
4. Reproduction…………………………………………………………………………………... 73
4.1. Comparaison des tailles moyennes………………………………………………………. 73
4.2. Sex-ratio……………………………………………………………………………………... 74
4.3. Sexualité et Fécondité……………………….……………………………………………... 74
5. Exploitation…………………………………………………………………………………….. 75
5.1. Paramètres de croissance………………………………………………………………….. 75
5.1.1 Analyse des structures d’âge……………………………………………….…………... 75
5.1.1.1. Couples âge-longueur, méthode de Petersen……. …………..…………………. 75
5.1.1.2. Couples âge-longueur, méthode de Bhattacharya……………………………….. 75
5.1.1.3. Calcul des paramètres L∞, K, to……………………………………………………. 76
5.1.2. Analyse des structures de taille : méthode de Powell – Wetherall………................ 77
5.1.3. Estimation de L∞ par la méthode de Pauly…………………………………………... 78
5.1.4. Calcul de W∞………………………………………..…………………………………... 78
5.2. Paramètres d'exploitation………………………………………………...……………….. 78
5.2.1. Mortalité totale (Z) ……………………………………………………………………... 78
5.2. 1.1. Méthode de Powel-Wetherall ……...……………………………………………… 78
5.2.1.2. Méthode de Pauly……….. .……………………………………………..………….. 78
2.1.3.1. Requins……..…………………………………….……………………..……………. 56
2.1.3.1. Raies……..……………………………………………….……………..…………….. 56
2.2. Systématique moléculaire…………………………………………….…………………… 57
2.2.1.: Les marqueurs génétiques……………………………………………….……………. 57
2.2.2. Principes des techniques de systématique moléculaire ……………………….…… 60
2.2.3. Analyse du polymorphisme des séquences………………………………………….. 63
2.3. Systématique phylogénétique…………………………………………………………….. 64
3. Ecologie………………………………………………………………………………................. 67
3.1. Traitement des données Thalassa ………………………………………………………... 67
3.1.1. Dépouillement du listing ‘‘Chalex’’………………………………………………….. 67
3.1.2. Calcul des densités, fréquences relatives et abondances relatives………................. 68
3.1.3. Profondeur moyenne et tranches de profondeur……………………………………. 70
3.1.4. Etude du peuplement……………..……………………………………………………. 70
3.1.4.1 Richesse spécifique………………………………………………………................... 70
3.1.4.2. Diversité spécifique et Régularité………………………………………………….. 70
3.1.4.3. Faune associée………….……………………………………………………………. 71
3.2. Traitement des données Ichthys – Joamy………………………………………………... 73
3.3. Traitement des données de la campagne thonière 2001……………………………….. 73
4. Reproduction…………………………………………………………………………………... 73
4.1. Comparaison des tailles moyennes………………………………………………………. 73
4.2. Sex-ratio……………………………………………………………………………………... 74
4.3. Sexualité et Fécondité……………………….……………………………………………... 74
5. Exploitation…………………………………………………………………………………….. 75
5.1. Paramètres de croissance………………………………………………………………….. 75
5.1.1 Analyse des structures d’âge……………………………………………….…………... 75
5.1.1.1. Couples âge-longueur, méthode de Petersen……. …………..…………………. 75
5.1.1.2. Couples âge-longueur, méthode de Bhattacharya……………………………….. 75
5.1.1.3. Calcul des paramètres L∞, K, to……………………………………………………. 76
5.1.2. Analyse des structures de taille : méthode de Powell – Wetherall………................ 77
5.1.3. Estimation de L∞ par la méthode de Pauly…………………………………………... 78
5.1.4. Calcul de W∞………………………………………..…………………………………... 78
5.2. Paramètres d'exploitation………………………………………………...……………….. 78
5.2.1. Mortalité totale (Z) ……………………………………………………………………... 78
5.2. 1.1. Méthode de Powel-Wetherall ……...……………………………………………… 78
5.2.1.2. Méthode de Pauly……….. .……………………………………………..………….. 78