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construction d’arbres. Le bootstrap procède à un tirage aléatoire avec remise des caractères (sites de
la séquence) jusqu’à ce que le nombre de sites tirés soit identique au nombre de sites du jeu initial
de données. Après le tirage d’un premier site, on considère que ce site tiré est toujours en jeu pour
les tirages ultérieurs. Ainsi, lors du tirage d’un second site, le premier site peut très bien être pris
une seconde fois. Il en résulte que lorsque n sites ont été tirés parmi n sites, le jeu artificiel de
données est constitué de certains sites en plusieurs exemplaires, tandis que d’autres en sont absents.
A partir de ce jeu artificiel de données, un arbre est construit (méthode de parcimonie, NJ,
UPGMA). Ce processus est répété un grand nombre de fois (au moins mille fois). On obtiendra un
grand nombre d’arbres, qui représentent en fait un grand nombre de regroupements dont certains
sont contradictoires. Le résultat est représenté sous forme d’un arbre consensus dans lequel figurent
tous les regroupements majoritairement apparus. Chaque nœud (regroupement) possède alors un
pourcentage qui indique la proportion d’arbres issus des tirages qui le présentent : c’est la valeur du
bootstrap, ou proportion du boostrap du nœud. On obtient ainsi une évaluation de la résistance d’un
nœud à un jeu de données : plus petit sera le nombre de sites qui soutiennent un regroupement
donné, moins il aura de chances que ce site soit prélevé lors des tirages aléatoires et donc plus petite
sera la proportion d’arbres qui présenteront ce regroupement : la valeur du bootstrap sera faible. A
contrario, si il y a un signal fort (beaucoup de sites) dans les séquences pour un regroupement donné
d’espèces, ces sites auront plus de chance d’être pris à chaque tirage et la valeur du bootstrap sera
forte. Le boostrap reflète donc des caractéristiques des signaux phylogénétiques du jeu de données,
à travers une technique de construction d’arbres. Un nœud soutenu à 95% indique qu’il y a un très
fort signal dans les données séquences qui ont conduit la technique de construction utilisée à
regrouper ces espèces ensemble : on dit que le nœud est robuste. Cependant cette robustesse ne doit
pas être vue comme la probabilité qu’un groupe soit réel : elle n’indique que le degré de soutien de
ce groupe par les données qui ont été analysées.
Les arbres phylogénétiques des différentes raies étudiées ont été construits à l’aide du programme
MEGA (Kumar et al, 2001).
3. Ecologie
L’étude écologique est basée sur les données recueillies au cours de la campagne de
prospection des fonds marins algériens, effectuée en automne 1982, par le N/O Thalassa et les
chalutiers Ichthys et Joamy (ISTPM, 1982).
3.1. Traitement des données Thalassa
3.1.1. Dépouillement du listing Chalex
Pour toutes les stations, nous avons relevé les informations relatives à notre étude : profondeur de
virage et de filage ; type d’engin (Lofoten-GOV) ; nature du substrat ; coordonnées géographiques ;
construction d’arbres. Le bootstrap procède à un tirage aléatoire avec remise des caractères (sites de
la séquence) jusqu’à ce que le nombre de sites tirés soit identique au nombre de sites du jeu initial
de données. Après le tirage d’un premier site, on considère que ce site tiré est toujours en jeu pour
les tirages ultérieurs. Ainsi, lors du tirage d’un second site, le premier site peut très bien être pris
une seconde fois. Il en résulte que lorsque n sites ont été tirés parmi n sites, le jeu artificiel de
données est constitué de certains sites en plusieurs exemplaires, tandis que d’autres en sont absents.
A partir de ce jeu artificiel de données, un arbre est construit (méthode de parcimonie, NJ,
UPGMA). Ce processus est répété un grand nombre de fois (au moins mille fois). On obtiendra un
grand nombre d’arbres, qui représentent en fait un grand nombre de regroupements dont certains
sont contradictoires. Le résultat est représenté sous forme d’un arbre consensus dans lequel figurent
tous les regroupements majoritairement apparus. Chaque nœud (regroupement) possède alors un
pourcentage qui indique la proportion d’arbres issus des tirages qui le présentent : c’est la valeur du
bootstrap, ou proportion du boostrap du nœud. On obtient ainsi une évaluation de la résistance d’un
nœud à un jeu de données : plus petit sera le nombre de sites qui soutiennent un regroupement
donné, moins il aura de chances que ce site soit prélevé lors des tirages aléatoires et donc plus petite
sera la proportion d’arbres qui présenteront ce regroupement : la valeur du bootstrap sera faible. A
contrario, si il y a un signal fort (beaucoup de sites) dans les séquences pour un regroupement donné
d’espèces, ces sites auront plus de chance d’être pris à chaque tirage et la valeur du bootstrap sera
forte. Le boostrap reflète donc des caractéristiques des signaux phylogénétiques du jeu de données,
à travers une technique de construction d’arbres. Un nœud soutenu à 95% indique qu’il y a un très
fort signal dans les données séquences qui ont conduit la technique de construction utilisée à
regrouper ces espèces ensemble : on dit que le nœud est robuste. Cependant cette robustesse ne doit
pas être vue comme la probabilité qu’un groupe soit réel : elle n’indique que le degré de soutien de
ce groupe par les données qui ont été analysées.
Les arbres phylogénétiques des différentes raies étudiées ont été construits à l’aide du programme
MEGA (Kumar et al, 2001).
3. Ecologie
L’étude écologique est basée sur les données recueillies au cours de la campagne de
prospection des fonds marins algériens, effectuée en automne 1982, par le N/O Thalassa et les
chalutiers Ichthys et Joamy (ISTPM, 1982).
3.1. Traitement des données Thalassa
3.1.1. Dépouillement du listing Chalex
Pour toutes les stations, nous avons relevé les informations relatives à notre étude : profondeur de
virage et de filage ; type d’engin (Lofoten-GOV) ; nature du substrat ; coordonnées géographiques ;