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2.1.2. Standardisation des données morphométriques
Il est possible de mener une ACP sur des données brutes. Certains auteurs préconisent d’extraire
les composantes à partir de données centrées mais non réduites. Le cas le plus universel porte sur
l’analyse de variables standard, où toutes les variables sont considérées comme d’égale importance.
Nous avons choisi de standardiser nos variables, pour la catégorie des raies uniquement, à l’aide du
logiciel Sizestd, programme de standardisation ‘Sizestd’ créé par Lombarte et Lleonart (1993) et
amélioré par Senar et al (1994). Le logiciel élimine l’effet de la taille des individus et de la
croissance relative à partir d’une matrice de données morphométriques multivariées. Le but est
atteint en transformant chaque individu (par augmentation ou réduction) par rapport à une taille
standard déterminée par l’utilisateur, en tenant compte de la croissance relative.
Du point de vue mathématique, cette transformation consiste à substituer chaque valeur Y (i, j) par
Y (i, j)
*
, à l’aide de la formule suivante :
Xo
b (j)
Y
*
(i, j) = Y (i, j)
X (i)
i = individu
j = variable
X(i) = valeur de la variable indépendante pour l’individu i
Xo = valeur standard pour X
b (j) = coefficient de régression potentiel pour la valeur j de l’équation Y = a X
b
estimé à
partir de la régression linéaire ln (Y) = ln (a) + b ln (X)
En pratique, la démarche à suivre se résume en quatre étapes, que nous décrivons dans un but de
vulgarisation.
Etape I :
- les données brutes sont saisies sur Statistica (version 5.1 ; 97) ;
- éliminer les variables qualitatives mais de manière à les réintroduire, après analyse ;
- exporter les données à partir du module : Data Management (Gestionnaire de données): →
option Quick → Choisir l’extension.txt → Enregistrer et nommer en ajoutant ‘in’ pour entrée
(ex : unin.txt) → Fermer.
Etape II :
Ouvrir unin.txt : (les données doivent être sous forme ASCI)
- 1° ligne : commentaire ou titre.
- 2° ligne : définir le nombre d’individus (lignes) et le nombre de variables (colonnes) ; ces deux
informations doivent être séparées par un blanc ou une virgule.
- 3° ligne : matrice de données.
2.1.2. Standardisation des données morphométriques
Il est possible de mener une ACP sur des données brutes. Certains auteurs préconisent d’extraire
les composantes à partir de données centrées mais non réduites. Le cas le plus universel porte sur
l’analyse de variables standard, où toutes les variables sont considérées comme d’égale importance.
Nous avons choisi de standardiser nos variables, pour la catégorie des raies uniquement, à l’aide du
logiciel Sizestd, programme de standardisation ‘Sizestd’ créé par Lombarte et Lleonart (1993) et
amélioré par Senar et al (1994). Le logiciel élimine l’effet de la taille des individus et de la
croissance relative à partir d’une matrice de données morphométriques multivariées. Le but est
atteint en transformant chaque individu (par augmentation ou réduction) par rapport à une taille
standard déterminée par l’utilisateur, en tenant compte de la croissance relative.
Du point de vue mathématique, cette transformation consiste à substituer chaque valeur Y (i, j) par
Y (i, j)
*
, à l’aide de la formule suivante :
Xo
b (j)
Y
*
(i, j) = Y (i, j)
X (i)
i = individu
j = variable
X(i) = valeur de la variable indépendante pour l’individu i
Xo = valeur standard pour X
b (j) = coefficient de régression potentiel pour la valeur j de l’équation Y = a X
b
estimé à
partir de la régression linéaire ln (Y) = ln (a) + b ln (X)
En pratique, la démarche à suivre se résume en quatre étapes, que nous décrivons dans un but de
vulgarisation.
Etape I :
- les données brutes sont saisies sur Statistica (version 5.1 ; 97) ;
- éliminer les variables qualitatives mais de manière à les réintroduire, après analyse ;
- exporter les données à partir du module : Data Management (Gestionnaire de données): →
option Quick → Choisir l’extension.txt → Enregistrer et nommer en ajoutant ‘in’ pour entrée
(ex : unin.txt) → Fermer.
Etape II :
Ouvrir unin.txt : (les données doivent être sous forme ASCI)
- 1° ligne : commentaire ou titre.
- 2° ligne : définir le nombre d’individus (lignes) et le nombre de variables (colonnes) ; ces deux
informations doivent être séparées par un blanc ou une virgule.
- 3° ligne : matrice de données.