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Les distances génétiques séparant les couples d’individus varient de 0 à 0.05. Elles sont très faibles
et même nulles entre certains individus de R. africana, R. polystigma et R. montagui. On note le
même phénomène entre les représentants de R. clavata, quelle que soit la catégorie (avec ou sans
boucles). Les plus grandes valeurs séparent R.clavata /R.asterias / R.brachyura. Il n’est pas rare
cependant d’observer de faibles valeurs entre les représentants de ces populations.
Les arbres phylogénétiques construits par la méthode de parcimonie (fig. 33), UPGMA et
Neighbour Joining (fig. 7 et 8, annexe II) montrent que les 49 individus appartenant aux cinq
espèces de Rajidae constituent un groupe monophylétique. Le test de robustesse est satisfaisant :
les valeurs du bootstrap indiquées par les chiffres au niveau de chaque nœud, sont largement
supérieures à 60%. Les trois méthodes obtiennent une topologie relativement comparable. La
méthode de parcimonie, que nous préférons, a choisi le meilleur arbre représentant les liens
phylogénétiques entre les divers représentants des raies du bassin algérien.
Il est clairement établi dans le cladogramme de la figure 33, que Raja clavata, R. asterias et R.
brachyura ont des liens de parenté : ce sont des groupes frères. Des relations étroites sont également
observées entre R. montagui, R. polystigma et R. africana. Nous noterons que les deux catégories de
R. clavata présentent le même haplotype. L’individu indéterminé, noté Rxx031/03 est identifié par
son haplotype, identique à ceux des populations de raie bouclée. Les individus putatifs de R.
brachyura ont des séquences différentes qui les discriminent en deux groupes : un groupe frère de
R. asterias et un autre qui se rapproche de R. polystigma, de R. montagui et de R. africana. Trois
individus supposés appartenir à cette dernière espèce possédaient l’haplotype R. montagui alors
qu’un quatrième montrait une séquence semblable à celle de R. polystigma.
4.2. Analyse du gène d-loop (CR)
Afin de mieux préciser les affinités génétiques entre les diverses espèces de raie, nous avons tenté
de compléter les informations obtenues en analysant le d-loop d’espèces algériennes et en les
comparant aux espèces atlanto–méditerranéennes : D. oxyrhincus, R. asterias, R. brachyura, R.
montagui, R. polystigma et R. radula ; la raie Amblyraja radiata (Donovan, 1808), dont la séquence
était disponible, a été considérée pour le doute subsistant entre cette unité taxonomique et R.
clavata.
La longueur des séquences du CR est comprise entre 309 et 324 pb ; l’alignement des séquences
(tab. 14; annexe I) met en évidence 143 sites variables (44%).
Les fragments de CR analysés (tab. 19) montrent un pourcentage élevé de bases A et T (76%).
Les distances génétiques séparant les couples d’individus varient de 0 à 0.05. Elles sont très faibles
et même nulles entre certains individus de R. africana, R. polystigma et R. montagui. On note le
même phénomène entre les représentants de R. clavata, quelle que soit la catégorie (avec ou sans
boucles). Les plus grandes valeurs séparent R.clavata /R.asterias / R.brachyura. Il n’est pas rare
cependant d’observer de faibles valeurs entre les représentants de ces populations.
Les arbres phylogénétiques construits par la méthode de parcimonie (fig. 33), UPGMA et
Neighbour Joining (fig. 7 et 8, annexe II) montrent que les 49 individus appartenant aux cinq
espèces de Rajidae constituent un groupe monophylétique. Le test de robustesse est satisfaisant :
les valeurs du bootstrap indiquées par les chiffres au niveau de chaque nœud, sont largement
supérieures à 60%. Les trois méthodes obtiennent une topologie relativement comparable. La
méthode de parcimonie, que nous préférons, a choisi le meilleur arbre représentant les liens
phylogénétiques entre les divers représentants des raies du bassin algérien.
Il est clairement établi dans le cladogramme de la figure 33, que Raja clavata, R. asterias et R.
brachyura ont des liens de parenté : ce sont des groupes frères. Des relations étroites sont également
observées entre R. montagui, R. polystigma et R. africana. Nous noterons que les deux catégories de
R. clavata présentent le même haplotype. L’individu indéterminé, noté Rxx031/03 est identifié par
son haplotype, identique à ceux des populations de raie bouclée. Les individus putatifs de R.
brachyura ont des séquences différentes qui les discriminent en deux groupes : un groupe frère de
R. asterias et un autre qui se rapproche de R. polystigma, de R. montagui et de R. africana. Trois
individus supposés appartenir à cette dernière espèce possédaient l’haplotype R. montagui alors
qu’un quatrième montrait une séquence semblable à celle de R. polystigma.
4.2. Analyse du gène d-loop (CR)
Afin de mieux préciser les affinités génétiques entre les diverses espèces de raie, nous avons tenté
de compléter les informations obtenues en analysant le d-loop d’espèces algériennes et en les
comparant aux espèces atlanto–méditerranéennes : D. oxyrhincus, R. asterias, R. brachyura, R.
montagui, R. polystigma et R. radula ; la raie Amblyraja radiata (Donovan, 1808), dont la séquence
était disponible, a été considérée pour le doute subsistant entre cette unité taxonomique et R.
clavata.
La longueur des séquences du CR est comprise entre 309 et 324 pb ; l’alignement des séquences
(tab. 14; annexe I) met en évidence 143 sites variables (44%).
Les fragments de CR analysés (tab. 19) montrent un pourcentage élevé de bases A et T (76%).