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4.1. Analyse du gène 16S ADNr
L’analyse du gène 16S a permis d’établir un nombre élevé de séquences caractérisant 65 individus,
auxquelles ont été ajoutées 15 autres déterminées en Méditerranée et disponibles dans la banque de
données GenBANK (Acc. Num. AF442158, AF442159 et de AY219568 à AY219579).
Une première approche a été réalisée sur
31 échantillons des raies les plus
caractéristiques du bassin algérien. Un
dendrogramme permettant d’analyser la
variabilité nucléotidique des haplotypes, est
obtenu par la méthode du Neighbour Joining
(Kimura 2-parameters, bootstrap de 1000
répétitions).
L’espèce Rhinobatos productus est placée
en dehors des taxons considérés et constitue
ainsi l’extragroupe (outgroup). Un montage
sur l’arbre phylogénétique (fig. 32),
construit par le programme MEGA à partir
de 47 unités taxonomiques (46 raies dont 31
algériennes), a été réalisé dans le cadre du
projet GenMAP de l’université de Ravenna
(Bertozzi,
2003).
Les
espèces
échantillonnées dans le bassin algérien
portent un numéro de code.
La cohérence des rapports phylogénétiques
entre les différentes espèces de Rajidae peutêtre considérée comme satisfaisante puisque
les valeurs du bootstrap sont dans une
grande proportion supérieures à 80%.
Figure 32 - Dendrogramme NJ à partir de 47 taxa (Bertozzi, 2003)
La variabilité nucléotidique des séquences analysées correspond à 31 sites variables sur les 240 au
total (13%). Ces sites, mis en évidence dans les colonnes en couleur (tab. 17), se positionnent