Chapitre II : Matériel et Méthodes
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L’oxygène est, entre autres, un facteur déterminant dans la structure écologique des
sédiments : en effet, la plupart de temps, les sédiments sont anoxiques en dessous d’une fine
couche superficielle oxydée. Dans les sédiments sous-jacent, différents modes de respiration
sont utilisés et déterminants une « succession écologique » : bactérie aérobie, bactérie
fermentative bactérie dénitrifiante bactérie sulfato-réductrice et bactéries méthanogènes.
Dans un sédiment sableux, environ 30% du volume est occupé par des pores de gros
diamètres tandis que, dans les argiles, les interstices de petit diamètre peuvent représenter
jusqu’à 50% de volume.
Ces pores sont remplis de liquides ou de gaz qui permettent la croissance de la flore
bactérienne et conditionnent les échanges entre les éléments provenants de la colonne d’eau et
les sédiments. Que ce soit dans le milieu marin ou en eau douce, les sédiments constitués par
les particules les plus fines contiennent les plus grands nombres de bactéries car ils offrent
une grande surface de colonisation par rapport à leur masse (Schallenberg et Kalff, 1993).
II.3.6.1 Recherche et numération des bactéries dans les sédiments (Figure 2.11)
Dans ce cas, la technique utilisée est celle des tubes multiples basée sur
l’ensemencement de plusieurs séries de tubes contenant des milieux de culture liquides, puis
la détermination du nombre caractéristique (nombre de tubes positifs pour chaque dilution qui
permettra l'établissement du nombre le plus probable, par le calcul ou la consultation de la
table de Mc Grady (Annexe : tableau 2.4).
En effet, prendre 25g de sédiment à analyser et lui rajouter 225 ml d’eau distillée
stérile dans un flacon stérile, bien homogénéiser le tout (dilution mère : 10
-1 ), prendre 10 ml à
l’aide d’une pipette graduée stérile de DM pour la mettre dans un tube stérile (10
-1 ), de même
préparer d’autre dilutions : 10
-2 et 10
-3 .
Les stations qui ont fait objet d’une analyse microbiologique sont :
P2, P3 au niveau de site de dragage
S1 au site d’immersion
II.3.6.1.1 Numération des coliformes totaux et des coliformes fécaux
Après avoir agité, ensemencer à partir de chaque dilution, 1 ml dans chaque tube
contenant 10 ml du bouillon lactosé bilié au vert brillant (BLBVB) et une cloche de Durham,
l’incubation se fait à 37°C pour les tubes destinés à dénombrer les coliformes totaux et à 44°C
pour les coliformes fécaux pendant 48 h.
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L’oxygène est, entre autres, un facteur déterminant dans la structure écologique des
sédiments : en effet, la plupart de temps, les sédiments sont anoxiques en dessous d’une fine
couche superficielle oxydée. Dans les sédiments sous-jacent, différents modes de respiration
sont utilisés et déterminants une « succession écologique » : bactérie aérobie, bactérie
fermentative bactérie dénitrifiante bactérie sulfato-réductrice et bactéries méthanogènes.
Dans un sédiment sableux, environ 30% du volume est occupé par des pores de gros
diamètres tandis que, dans les argiles, les interstices de petit diamètre peuvent représenter
jusqu’à 50% de volume.
Ces pores sont remplis de liquides ou de gaz qui permettent la croissance de la flore
bactérienne et conditionnent les échanges entre les éléments provenants de la colonne d’eau et
les sédiments. Que ce soit dans le milieu marin ou en eau douce, les sédiments constitués par
les particules les plus fines contiennent les plus grands nombres de bactéries car ils offrent
une grande surface de colonisation par rapport à leur masse (Schallenberg et Kalff, 1993).
II.3.6.1 Recherche et numération des bactéries dans les sédiments (Figure 2.11)
Dans ce cas, la technique utilisée est celle des tubes multiples basée sur
l’ensemencement de plusieurs séries de tubes contenant des milieux de culture liquides, puis
la détermination du nombre caractéristique (nombre de tubes positifs pour chaque dilution qui
permettra l'établissement du nombre le plus probable, par le calcul ou la consultation de la
table de Mc Grady (Annexe : tableau 2.4).
En effet, prendre 25g de sédiment à analyser et lui rajouter 225 ml d’eau distillée
stérile dans un flacon stérile, bien homogénéiser le tout (dilution mère : 10
-1 ), prendre 10 ml à
l’aide d’une pipette graduée stérile de DM pour la mettre dans un tube stérile (10
-1 ), de même
préparer d’autre dilutions : 10
-2 et 10
-3 .
Les stations qui ont fait objet d’une analyse microbiologique sont :
P2, P3 au niveau de site de dragage
S1 au site d’immersion
II.3.6.1.1 Numération des coliformes totaux et des coliformes fécaux
Après avoir agité, ensemencer à partir de chaque dilution, 1 ml dans chaque tube
contenant 10 ml du bouillon lactosé bilié au vert brillant (BLBVB) et une cloche de Durham,
l’incubation se fait à 37°C pour les tubes destinés à dénombrer les coliformes totaux et à 44°C
pour les coliformes fécaux pendant 48 h.