SOMMAIRE
INTRODUCTION……………………………………………………….
I. GENERALITE………………………………………………………...
I.1. Caractères biochimique et culturaux………………………………….
I.2. Caractères antigéniques……………………………………………….
I .2.1. Les antigènes somatiques O………………………………………..
I.2.2. Les antigènes flagellaires H…………………………………………
I.2.3. Les antigènes de surface ou d'enveloppe K…………………………
I.3. Taxonomie…………………………………………………………….
I.4. Le génome d’ E. coli ..............................................................................
I.5. Subdivisions de l’espèce E. coli………………………………………
I.6. Commensalisme et pathogénicité de E.coli…………………………...
I.6.1. La notion de pathotype……………………………………………..
I.6.2. Classification des pathotypes d’E. coli……………………………..
I.7. Habitat et écologie……………………………………………………
I.8. La phylogénie de E.coli ………………………………………………
I.8.1. Les groupes phylogéniques…………………………………………
II. MATERIEL ET METHODES………………………………………
II.1. Présentation du site…………………………………………………..
II.2. prélèvement et sélection des souches résistantes aux quinolones …...
II.3. méthodes……………………………………………………………..
II.3.1-Identification………………………………………………………..
II.3-2-Phylogenie………………………………………………………….
II.3.2.1. Extraction de l’ADN……………………………………………..
II.3.2.2. Détermination des groupes phylogénétiques par PCR ………….
II.3.3. Antibiogramme…………………………………………………….
III. RESULTATATS ET DISCUSSION………………………………
III.1. Identification Bactérienne…………………………………………...
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