Chapitre II : Méthode d’identification
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2. 2.9 barcoding moléculaire.
L’analyse d’ADN a été utilisé depuis 30 ans dans le but d’identifier les espèces, mais
des séquences différentes ont été utilisé pour les différents groupes taxonomique ,en 2003 le
professeur Paul Hebert et ses collaborateurs au service de l'Université de Guelph, Canada ont
élaboré la technique de barcode ,son but initiale était de pouvoir identifier facilement et
rapidement les espèces animales à l’aide une séquence de gène unique et qui serait
suffisante pour différencier la totalité ou au moins la grande majorité des espèces ,à l’instar
des codes barres sur les produits commerciaux (Ward, et al., 2005).
Le choix du marqueur génétique
La principale difficulté d’un tel projet résidait dans le choix d’une séquence
nucléotidique suffisamment conservée au niveau intra espèce, suffisamment divergente pour
distinguer deux espèces et suffisamment universelle pour pouvoir être utilisée sur un
large spectre d’organismes (Geoffroy, 2012).
Plusieurs études ont montré que la diversité de séquence dans une une portion d’ADN
correspondant à la fin de la région 5’ du gène mitochondrial codant pour la cytochrome
oxydase I (COI) (658 paires de bases), a été choisie comme barcode moléculaire universel,
qui fournit une forte résolution au niveau des espèces pour différents groupes notamment les
poissons (Bhattacharjee, et al.,2012) (Trivedi, et al., 2014).
La Cytochrome oxydase est une protéine trans-membranaire impliquée dans le cycle
de Krebs. Elle est fortement conservée à travers les espèces qui emploient la phosphorylation
oxydative dans leur métabolisme (Okassa, 2010).
Outre que la présence de ce gène chez toutes les espèces animales :
1. Le gène choisi est codant. Il n’y a donc pas d’introns. De plus, il y a peu de délétions et
d’insertions. De ce fait, les problèmes d’alignements des séquences et les analogies sont
limités.
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2. 2.9 barcoding moléculaire.
L’analyse d’ADN a été utilisé depuis 30 ans dans le but d’identifier les espèces, mais
des séquences différentes ont été utilisé pour les différents groupes taxonomique ,en 2003 le
professeur Paul Hebert et ses collaborateurs au service de l'Université de Guelph, Canada ont
élaboré la technique de barcode ,son but initiale était de pouvoir identifier facilement et
rapidement les espèces animales à l’aide une séquence de gène unique et qui serait
suffisante pour différencier la totalité ou au moins la grande majorité des espèces ,à l’instar
des codes barres sur les produits commerciaux (Ward, et al., 2005).
Le choix du marqueur génétique
La principale difficulté d’un tel projet résidait dans le choix d’une séquence
nucléotidique suffisamment conservée au niveau intra espèce, suffisamment divergente pour
distinguer deux espèces et suffisamment universelle pour pouvoir être utilisée sur un
large spectre d’organismes (Geoffroy, 2012).
Plusieurs études ont montré que la diversité de séquence dans une une portion d’ADN
correspondant à la fin de la région 5’ du gène mitochondrial codant pour la cytochrome
oxydase I (COI) (658 paires de bases), a été choisie comme barcode moléculaire universel,
qui fournit une forte résolution au niveau des espèces pour différents groupes notamment les
poissons (Bhattacharjee, et al.,2012) (Trivedi, et al., 2014).
La Cytochrome oxydase est une protéine trans-membranaire impliquée dans le cycle
de Krebs. Elle est fortement conservée à travers les espèces qui emploient la phosphorylation
oxydative dans leur métabolisme (Okassa, 2010).
Outre que la présence de ce gène chez toutes les espèces animales :
1. Le gène choisi est codant. Il n’y a donc pas d’introns. De plus, il y a peu de délétions et
d’insertions. De ce fait, les problèmes d’alignements des séquences et les analogies sont
limités.