Isolement et caractérisation des bactéries marines dégradant les différentes fractions du pétrole
Le littoral algérien est exposé à plusieurs types de pollutions, notamment d’hydrocarbures. Le
but de ce travail était d'étudier les capacités de dégradation des bactéries isolées d’une zone
contaminée de la côte algérienne (port de Sidi Fredj). Une collection de 119 souches capables
de se développer sur milieu minéral additionné d'hydrocarbures comme unique source de
carbone et d’énergie a été obtenue. 23 souches ont été sélectionnées pour des caractérisations
plus poussées. Le séquençage du gène de l'ARNr 16S a montré que la plupart des isolats
appartenaient à des genres de bactéries hydrocarbonoclastes spécialisées (Alcanivorax), à des
bactéries dégradantes généralistes (Marinobacter, Pseudomonas, Gordonia, Halomonas,
Erythrobacter et Brevibacterium) et à d'autres bactéries non connues comme capables de
dégrader les hydrocarbures (Xanthomarina) mais qui ont pu poussé en présences de pétrole
brut. L’approche indépendante à la culture (DGGE) a montré qu’une diversité et une
variabilité supérieures entre les stations ont été détectées dans les échantillons d’eau de mer
que dans les échantillons de sédiments.
Les souches liées à Marinobacter et Alcanivorax étaient les plus efficaces dans la dégradation
du pétrole brut avec 61% et 57% de pétrole dégradé après une semaine d’incubation tandis
que les souches affiliées à Halomonas et Labrenzia étaient les moins performantes avec
seulement 8% et 12% de pétrole brut dégradé respectivement. Le criblage des gènes
cataboliques alkB et xylA a révélé la présence du gène alkB dans plusieurs souches
bactériennes, un isolat hébergeant les deux gènes cataboliques, tandis que certains isolats ne
portaient aucun des gènes étudiés. Cependant, ils ont été capables de métaboliser le pétrole
brut, ce qui implique l'existence d'autres voies de biodégradation.
La plupart des isolats ont manifesté une production importante de biosurfactants avec
d'importantes activités d'émulsification utiles en bioremédiation. L'activité d'émulsification la
plus élevée a été détectée chez Alcanivorax borkumensis avec 52% d'émulsification. Nos
résultats ont montré que les souches produisant de hauts niveaux de biosurfactants peuvent
mieux dégrader le pétrole brut.
Nos résultats suggèrent que les isolats bactériens obtenus pourraient constituer des candidats
potentiels pour la bioremédiation et pourraient être utiles pour des applications biotechnologiques.